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标题: 关于Multiwfn绘制表面着色图的问题 [打印本页]

作者
Author: 小白一枚1 时间: 2021-12-21 22:09
标题: 关于Multiwfn绘制表面着色图的问题
本帖最后由小白一枚1 于 2021-12-22 15:57 编辑

按照老师所提供的Multiwfn配合VMD绘制分子表面着色图的方法对其他分子结构进行了试验，但是我的电脑所显示的表面着色图是不完全的（有部分区域没有全部着色，露出来了几个原子），请问这是哪里没有设置的问题吗？下图是我在画ALIE表面着色图所遇到的问题，只有几个原子上有着色，其余都没有。

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-12-21 23:28
你表面着色图是指的surface area的图，还是ESP的电势图？
如果是前者，先调一下display-rendermode到normal，然后再看看。
如果是ESP图，那估计就是你的原始数据有问题，和Multiwfn没关系。你先用Multiwfn自带的isosurface看一看，在导出来到VMD里做着色图。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 01:00
直接截图说明

作者
Author: 小白一枚1 时间: 2021-12-22 15:56

flyingchow 发表于 2021-12-21 23:28
你表面着色图是指的surface area的图，还是ESP的电势图？
如果是前者，先调一下display-rendermode到norma ...

是ALIE表面着色图

作者
Author: 小白一枚1 时间: 2021-12-22 15:56

sobereva 发表于 2021-12-22 01:00
直接截图说明

老师，我已将图片上传，麻烦您看一下是哪里的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 21:32
你这个图完全离谱

电子密度等值面数值可能根本没恰当设定，电子密度0.001等值面不可能才那么小。也不知道你怎么设的着色。确保GLSL开开了

先把下文里的例子重复一遍再说
使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图（含视频演示）
http://sobereva.com/514（http://bbs.keinsci.com/thread-14632-1-1.html）

如果能重复出来，仔细对照你当前情况和博文里的例子，弄清楚在输入文件和操作上有什么差别，试图找原因。

作者
Author: 小白一枚1 时间: 2021-12-22 23:06

sobereva 发表于 2021-12-22 21:32
你这个图完全离谱

电子密度等值面数值可能根本没恰当设定，电子密度0.001等值面不可能才那么小。也不知 ...

好的，谢谢老师的解答

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