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标题: 求助区分/统计系统中的氢氧根离子和水分子数目 [打印本页]

作者
Author: Songlinli 时间: 2021-12-21 22:11
标题: 求助区分/统计系统中的氢氧根离子和水分子数目
各位老师,
我最近在使用 DOI:10.1021/acs.jpcb.8b01127 （Van Duin）中的ReaxFF势能函数模拟一个含阳离子，OH-和H2O分子的系统。
因为如果有反应会生成水/其他分子，所以我想计算模拟过程中水分子的数目来判断反应是否发生。
尝试过reax/species命令，但是Lammps只能给出一些 “H2O2” “阳离子+ OOH” 的统计。
请问老师有什么思路可以识别/统计系统中的氢氧根离子和水分子数目吗？不一定要具体的lammps命令，思路就行，我可以用matlab进行后处理。

这里附上一个data文件包含5个阳离子，5个OH和5个H2O的系统，以供参考。 (, 下载次数 Times of downloads: 9)
万分感谢！

作者
Author: 独舞的印迹 时间: 2021-12-22 15:24
上半年开会的时候看到的VARxMD可能会满足你的需求。

作者
Author: cokoy 时间: 2021-12-22 15:55
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CP/C9CP05091D
或者自己写，统计每个O键连了几个H。

作者
Author: Songlinli 时间: 2021-12-24 00:20

独舞的印迹发表于 2021-12-22 15:24
上半年开会的时候看到的VARxMD可能会满足你的需求。

您好，请问在哪里能下载VARxMD或者其接口？在文献中没有找到，需要直接邮件中科院的老师吗？

作者
Author: Songlinli 时间: 2021-12-24 00:23

cokoy 发表于 2021-12-22 15:55
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CP/C9CP05091D
或者自己写，统计每个O键连了几个H ...

老师您好，请问您知道哪里能下载VARxMD或者其接口吗？在文献中没有找到，需要直接邮件中科院的老师吗？

如果要自己写的话，是用O、H距离<O-H经典键长直接判断？

非常感谢

作者
Author: 独舞的印迹 时间: 2021-12-24 08:51

Songlinli 发表于 2021-12-24 00:20
您好，请问在哪里能下载VARxMD或者其接口？在文献中没有找到，需要直接邮件中科院的老师吗？

应该是，不过这个是收费的。如果只是统计某个分子的数量的话完全可以写脚本。 # ELEMENT=[单键共价半径r,共价键判定的阈值p]
C=[0.77,0.1]
H=[0.3, 0.05]
O=[0.66, 0.1]
N=[0.7, 0.1]
S=[1.01,0.1]
Cu=[1.17,0.1]
#new_atom=[*,*]
这个是我之前写类似脚本时的使用的数据，list里第一个是元素的共价半径r(gview的数据);第二个是判断阈值p。
在实际判断原子i和原子j是否成键时判断条件是
d<=(ri+rj)*(1+pi+pj)
满足此条件就认为成键。需要注意的是这个阈值要稍微多试几个数看看有什么影响。
不知道其他软件如何判断的，如果要求不高的话可以试试这种简陋的方式。

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