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标题: 带苯环分子charmm力场生成问题 [打印本页]

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Author: sun666 时间: 2021-12-22 00:17
标题: 带苯环分子charmm力场生成问题
我在处理EDTA（四个羧基都脱掉H）的时候，使用 CGenFF（https://cgenff.paramchem.org/），但是一直报错：readmol2 warning: unknown bond type; skipped molecule Molecule .不知道该如何处理。mol2文件是gview构建，文件在附件，请老师指点。
另外想问一下• SwissParam（http://swissparam.ch）• CGenFF（https://cgenff.paramchem.org/）这两个在线网站生成的力场有何区别，由于CGenFF有一段时间维护因此用了 SwissParam，这样还能与CGenFF产生力场的其他模拟比较吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 01:01
SwissParam是基于MMFF94力场的，此文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: sun666 时间: 2021-12-22 01:17

sobereva 发表于 2021-12-22 01:01
SwissParam是基于MMFF94力场的，此文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/2 ...

谢谢老师，EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢，请老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 01:17

sun666 发表于 2021-12-22 01:17
谢谢老师，EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢，请老师指点

我不用CGenFF

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-22 02:09

sun666 发表于 2021-12-22 01:17
谢谢老师，EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢，请老师指点

用Charmm-GUI的配体模块生成小分子的CGenFF，比CGenFF好用多了，那个鬼玩意的脚本还要python2，直接用charmm-gui就完事了

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-4-14 15:03

喵星大佬发表于 2021-12-22 02:09
用Charmm-GUI的配体模块生成小分子的CGenFF，比CGenFF好用多了，那个鬼玩意的脚本还要python2，直接用cha ...

大佬请教一下，就是Ligand Reader & Modeler 页面上传配体mol2,然后下载下一步完成后下载download.tgz得到的配体itp文件这样就可以用于gromacs是吗？

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