wudiazhu 发表于 2021-12-22 15:53
gmx trjconv -f .trr -o .xtc -dt x 表示每隔x ps提取一次轨迹到xtc里面
小豌豆 发表于 2021-12-23 09:53
新人小白，想再请教一下，有没有例子或者原理方法针对提取做详细解释呢？或者说间隔时间的选定有什么规则 ...
wudiazhu 发表于 2021-12-23 10:54
这没啥依据，我觉得纯粹是为了让轨迹文件大小减小而已
小豌豆 发表于 2021-12-23 14:16
因为还涉及能量计算，所以担心提取时间间隔不合适导致误差太大，如果计算总的能量的话工作量太大。您有什 ...
wudiazhu 发表于 2021-12-23 14:37
不是，能量等状态函数信息全含在edr文件里，分析能量也是用的edr文件，和xtc文件没有关系，现在只是压缩 ...
wudiazhu 发表于 2021-12-23 14:59
我没太理解你的诉求，各种状态信息在跑动力学的过程中是一并给出的，跑完后计算能量（应该说是导出能量信息 ...
小豌豆 发表于 2021-12-23 21:58
我以为能量是需要跑完后单独计算的，所以这么说，请问应该如何导出能量数据呢？哪条命令呀？
小豌豆 发表于 2021-12-23 21:58
我以为能量是需要跑完后单独计算的，所以这么说，请问应该如何导出能量数据呢？哪条命令呀？
FMGwenyanhoon 发表于 2021-12-23 22:14
gmx energy -f filename.edr -b t1 -e t2
-f后面跟文件名，-b后面跟想要分析的开始时间点（ps），-e ...
喵星大佬 发表于 2021-12-23 22:02
能量存在edr文件里，跟轨迹有啥关系？除非你要rerun
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