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标题: MMFF94可以用于大染料分子的结构预优化吗？ [打印本页]

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Author: WaterMirror 时间: 2021-12-22 20:57
标题: MMFF94可以用于大染料分子的结构预优化吗？
各位老师好：
我准备用wb97XD计算一些大染料分子（大约200个原子）的性质，我打算先构象搜索再用DFT优化，请问用MMFF94先做一个构象搜索是否靠谱呢？有没有什么特别推荐的力场呢？
谢谢各位老师

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-22 21:08
可以，但是不好，尤其是含芳胺和N杂化之类的结构，MMFF94s有改进可以用

但是都不如gfn-ff，用gfn1-xtb也可以

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Author: WaterMirror 时间: 2021-12-22 21:42

喵星大佬发表于 2021-12-22 21:08
可以，但是不好，尤其是含芳胺和N杂化之类的结构，MMFF94s有改进可以用

但是都不如gfn-ff，用gfn1-xtb也 ...

好的谢谢老师我用XTB吧== 之前优化有机物，天然产物这种我觉得MMFF94还是挺靠谱的

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Author: snljty 时间: 2021-12-22 21:45

WaterMirror 发表于 2021-12-22 21:42
好的谢谢老师我用XTB吧== 之前优化有机物，天然产物这种我觉得MMFF94还是挺靠谱的

MMFF94的苯胺氮上三个基团是共平面的，定性错误，如楼上所说。200个半经验级别的xtb速度飞快，没必要折腾力场。

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Author: WaterMirror 时间: 2021-12-22 22:13

snljty 发表于 2021-12-22 21:45
MMFF94的苯胺氮上三个基团是共平面的，定性错误，如楼上所说。200个半经验级别的xtb速度飞快，没必要折腾 ...

好的好的谢谢老师！！

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Author: sobereva 时间: 2021-12-23 14:01
预优化和构象搜索完全是两码事，不要混为一谈
如果你已知某个构象就应该是最稳定的，或者是你想考察的，拿MMFF94预优化一下，如果看起来结果没问题，那可以用。

如果是可能有很多构象，想筛选出来最值得之后用DFT进一步优化、准确算能量和排序的，一般情况都建议用molclus结合xtb在GFN-xTB级别或者结合MOPAC在半经验级别下过一遍并粗略排序，花不了多少时间，参考里面的例子和讨论：
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

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