计算化学公社

标题: 请问如何建立文献中的溶液模型 [打印本页]

作者
Author: kcd 时间: 2021-12-23 10:17
标题: 请问如何建立文献中的溶液模型
请问如何建立图中的模型呀，尝试了建立晶胞，然后直接把分子复制进去，但是跑AIMD的时候有些分子就散架了。

作者
Author: waitingseven 时间: 2021-12-23 10:21
可以用packmol，http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/home.shtml

作者
Author: kcd 时间: 2021-12-23 10:25

waitingseven 发表于 2021-12-23 10:21
可以用packmol，http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/home.shtml

好的，非常感谢，我去试试。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 14:06
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: kcd 时间: 2021-12-24 09:17

sobereva 发表于 2021-12-23 14:06
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-1254 ...

感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT failed（qs_mo_types.F:290），将pdb文件放入MS再建立晶胞导出cif后，重新使用wultiwfn生成的inp文件就能正常运行了，前后的文件只有原子坐标&COORD &END COORD这部分坐标略有区别，其余部分完全一致，请问是packmol生成的文件有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 12:59

kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

packmol
Multiwfn
先从拼对程序名做起

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 13:01

kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

必须用最新版Multiwfn

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)