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标题: 解决GaussView画MO,density时成键不合理问题的工具 [打印本页]

作者
Author: helpme 时间: 2016-2-19 09:18
标题: 解决GaussView画MO,density时成键不合理问题的工具
本帖最后由 helpme 于 2017-8-10 15:57 编辑

GaussView打开fchk文件，画分子轨道MO，density等时，有时显示的成键方式不是我们想要的，

比如有两个原子间不应该成键的，但是显示却是成键。如果这时用Gview改一下原子间的成键情况，又会导致轨道等画不出来了（按钮为灰色）。

下面的程序是将fchk文件转化一下，修改其中的connectivity信息，得到合理的成键方式。

（另外，也可以gjf文件中加入connectivity信息，重新算一个单点，但是这种方法对大的体系比较慢）。

基本原理是使用GaussView设定要你想要的原子之间的链接模式，保存为gjf文件，文件末尾几行就是我们需要的connectivity信息。

以这些信息为输入文件，调用程序，由程序自动修改fchk，即可。

附件包含Fortran源程序，linux/win下的可执行程序，readme，一个示例的input文件。

(, 下载次数 Times of downloads: 9068)

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-2-19 10:35
那还不如用CUBE文件的方式看的比较方便

作者
Author: ntrip 时间: 2016-2-22 10:02
很实用，收藏！

作者
Author: ybb122 时间: 2016-3-10 16:10
很有用，但是可执行文件不能运行呀，能不能另发一个呢

作者
Author: helpme 时间: 2016-3-11 08:37
可执行文件一个是windows下的，一个是linux下的。再试试看。

作者
Author: hydra 时间: 2016-3-18 17:17
谢谢分享.

作者
Author: 978142355 时间: 2016-5-10 14:53
老师您好，我用了您的程序，其在linux系统下没问题，而在windows系统下出现了如图所示的问题（PS：我的系统是win7 32位），内存分配失败，我除了运行这个程序，其它什么也没做，老师的这个程序很吃内存？

作者
Author: helpme 时间: 2016-5-11 12:47
感谢使用。要不你试试小分子在win下能不能用？
应该不怎么用到内存的啊。

作者
Author: healthyworld 时间: 2016-5-11 18:20
牛！

作者
Author: zhejitian 时间: 2016-5-19 13:28
下下来试试！好东西！

作者
Author: liuxm 时间: 2017-4-16 09:03
这个程序在win下为什么就一闪就过了啊？

作者
Author: liuxm 时间: 2017-4-16 09:05
明白了，是它计算的太快，瞬间就完成了，谢谢你们

作者
Author: caoeagle 时间: 2017-11-7 10:29
本帖最后由 caoeagle 于 2017-11-7 11:30 编辑

老师，您好！我按照您的方法操作了，但是在电脑上显示是“未指定的错误”，文件夹放置的路径是英文，所以想问一下，在操作中还要注意那些问题吗？这个跟电脑也有关系吗，我换了一台电脑，可以运行，但是新得到的fchk文件无法用Gview打开，请问一下，后续修改成键类型完成后怎么画MO图呢？提前谢谢老师了

作者
Author: caoeagle 时间: 2017-11-7 11:31

liuxm 发表于 2017-4-16 09:05
明白了，是它计算的太快，瞬间就完成了，谢谢你们

请问一下，您计算完成后的fchk文件可以直接用GVIEW打开吗？具体后续怎么操作呢？

作者
Author: liuxm 时间: 2017-11-7 14:09

caoeagle 发表于 2017-11-7 11:31
请问一下，您计算完成后的fchk文件可以直接用GVIEW打开吗？具体后续怎么操作呢？

如果体系计算的没有问题，fchk文件是可以用gaussview打开的。然后就可以做分子轨道，电字密度图了。

作者
Author: caoeagle 时间: 2017-11-7 14:50

liuxm 发表于 2017-11-7 14:09
如果体系计算的没有问题，fchk文件是可以用gaussview打开的。然后就可以做分子轨道，电字密度图了。

体系计算没有问题啊，就是用rebondfchk.exe转换，改变它的成键类型，但是我转化以后得到的fchk文件无法用GVIEW打开，您有计算的例子能帮我看一下吗？或者我把我的发给您帮我看看是哪里的问题可以嘛？谢谢啦

作者
Author: liuxm 时间: 2017-11-8 08:10

caoeagle 发表于 2017-11-7 14:50
体系计算没有问题啊，就是用rebondfchk.exe转换，改变它的成键类型，但是我转化以后得到的fchk文件无法用 ...

按照程序的说明去做。不会有问题的，我的都正常，至于你的我就不知道怎么回事了，可能你的fchk本来就有问题。

作者
Author: caoeagle 时间: 2017-11-8 16:25

liuxm 发表于 2017-11-8 08:10
按照程序的说明去做。不会有问题的，我的都正常，至于你的我就不知道怎么回事了，可能你的fchk本来就有问 ...

谢谢，我再检查检查

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 22:57

caoeagle 发表于 2017-11-7 10:29
老师，您好！我按照您的方法操作了，但是在电脑上显示是“未指定的错误”，文件夹放置的路径是英文，所以想 ...

实际上如果你用gv6，载入fch后，即便修改了连接关系，照样可以画MO

作者
Author: caoeagle 时间: 2017-11-15 19:42

sobereva 发表于 2017-11-9 22:57
实际上如果你用gv6，载入fch后，即便修改了连接关系，照样可以画MO

好的，我安装一个试试，谢谢sob老师

作者
Author: 留美栗 时间: 2019-2-19 12:16

liuxm 发表于 2017-4-16 09:03
这个程序在win下为什么就一闪就过了啊？

你好，我打开也是一闪而过，请问一下是具体是怎么操作的呢？

作者
Author: njuclean 时间: 2019-7-16 22:10
可以使用，谢谢

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