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标题: Win64版和Linux版拟合RESP电荷不同问题 [打印本页]

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-23 13:50
标题: Win64版和Linux版拟合RESP电荷不同问题
各位老师好！
最近在使用Win64和Linux两个版本的Multiwfn拟合RESP电荷时发现，同一个波函数文件给出的结果完全不同。
不知道是不是因为Win64我设置了调用本地G09的cubegen，而Linux使用的是Multiwfn默认的？
Win64：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

Linux：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

波函数文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-23 14:20
说清你软件的下载日期，和使用的时候的具体操作。RESP如果约束条件不同，拟合点不同，结果肯定不同。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 14:27
应当是你的fch文件有问题
我在我这里重算了单点得到fch文件，是否调用cubegen结果都一样

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-23 15:02

snljty 发表于 2021-12-23 14:20
说清你软件的下载日期，和使用的时候的具体操作。RESP如果约束条件不同，拟合点不同，结果肯定不同。

Win64是2020年9月下载的，Linux则是2021年12月下载的，都是Multiwfn 3.7版本；
拟合RESP时都是加载fchk文件后按照7-18-1的操作，就是标准两步法拟合RESP。

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-23 15:15

sobereva 发表于 2021-12-23 14:27
应当是你的fch文件有问题
我在我这里重算了单点得到fch文件，是否调用cubegen结果都一样

我这个高斯任务是opt+sp一起计算的，关键词如下：
# opt=calcfc freq b3lyp/6-31+g em=gd3 pop=(nbo,savenbo) scrf=(smd,solvent=generic,read) geom=connectivity
高斯任务在超算(高斯版本：Gaussian 09, Revision E.01)成功运行完之后我再执行的formchk转化出fchk文件。
我测试了好几个fchk文件，发现Linux和本地Win64给出的结果都是不一样的。
请问sob老师该如何检查fchk文件是否有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 17:06

Xcution 发表于 2021-12-23 15:15
我这个高斯任务是opt+sp一起计算的，关键词如下：
# opt=calcfc freq b3lyp/6-31+g em=gd3 pop=(nbo,sav ...

绝对不要写saveNBO

另外，你当前用的基组显示出你缺乏最最最最基本的基组选用常识，结果没有一丁点意义
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-23 19:30

sobereva 发表于 2021-12-23 17:06
绝对不要写saveNBO

另外，你当前用的基组显示出你缺乏最最最最基本的基组选用常识，结果没有一丁点意 ...

感谢sob老师！
修改关键词之后两个地方给出的结果没什么太大差别了。

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-23 19:44

sobereva 发表于 2021-12-23 17:06
绝对不要写saveNBO

另外，你当前用的基组显示出你缺乏最最最最基本的基组选用常识，结果没有一丁点意 ...

sob老师，我还想再请教一下，由savenbo这个关键词我看了论坛里几个关于HOMO/LUMO和NBO的帖子，因为之前我一直是把高斯输出的Natural Bond Orbitals部分的轨道当作HOMO/LUMO，但是看了帖子之后发现NBO和HOMO/LUMO不是一个东西，那么在高斯的log文件中哪里可以读取到真正的HOMO/LUMO信息呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 22:34

Xcution 发表于 2021-12-23 19:44
sob老师，我还想再请教一下，由savenbo这个关键词我看了论坛里几个关于HOMO/LUMO和NBO的帖子，因为之前我 ...

fch文件载入Multiwfn，进主功能0，直接就在文本窗口显示了HOMO、LUMO信息，还可以直接用Multiwfn看HOMO、LUMO图形，此文都说了。比在输出文件里看方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-24 19:08

sobereva 发表于 2021-12-23 22:34
fch文件载入Multiwfn，进主功能0，直接就在文本窗口显示了HOMO、LUMO信息，还可以直接用Multiwfn看HOMO、 ...

好的！感谢sob老师！

作者
Author: Xcution 时间: 2021-12-28 12:28
不确定之后会不会有人和我出现相同的问题，所以我又测试了一下高斯输入文件是否加savenbo关键词以及是否在Multiwfn中使用高斯(G09)cubegen(即是否修改了settings.ini中cubegenpath)对RESP电荷拟合的影响。基组均为b3lyp/6-311g(d,p)。

总的来说：
1、若不加savenbo关键词，采用高斯cubegen或是Multiwfn默认方式得到的RESP电荷结果相差无几(在小数点后第六、七位开始有细微区别)；
2、若加上savenbo关键词，采用高斯cubegen能够给出和上述不加savenbo类似的电荷值(差距同样是在小数点后第六、七位)，但是采用Multiwfn默认方式则会得到完全不同的电荷数值。

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

高斯官网对SaveNBOs的解释是Save natural bond orbitals in the checkpoint file (for later visualization)，但没有明确说明是否会覆盖原先信息。因为在savenbo情况下使用高斯cubegen仍能得到和没有savenbo几乎相同的电荷，因此我猜测savenbo应该没有覆盖原先chk文件中的波函数信息，而是增加了NBO的信息；而高斯cubegen和Multiwfn默认方式在读取fchk文件信息时的差异导致了是否加savenbo关键词以及是否在Multiwfn中使用高斯(G09)cubegen对最终结果的影响。

如果不需要可视化NBO，那在高斯关键词中不使用savenbo应该是最保险，这样无论用不用高斯的cubegen都不影响；如果确实需要使用savenbo，那么就要注意在Multiwfn拟合RESP电荷时使用高斯cubegen。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 04:56

Xcution 发表于 2021-12-28 12:28
不确定之后会不会有人和我出现相同的问题，所以我又测试了一下高斯输入文件是否加savenbo关键词以及是否在M ...

加了saveNBO会导致chk里存的是NBO而非MO，这会导致Multiwfn算的实空间函数结果错乱

cubegen是基于chk里的密度矩阵算的静电势，因此不受写不写saveNBO的影响

写saveNBO根本就没什么实际意义，毕竟你要看NBO用Multiwfn基于NBO plot文件看就完了，如下文所述。而基于fch看你还得去找fch里的NBO序号和输出文件里的NBO序号的对应关系，麻烦得很，而且与此同时你还没法看MO了
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

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