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标题: 我想水中加入锂离子用哪个符号? [打印本页]

作者
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wanghao12000    时间: 2021-12-23 14:22
标题: 我想水中加入锂离子用哪个符号?
请问各位老师,我想水中加入锂离子用哪个符号?LIT不是吗?

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sobereva    时间: 2021-12-23 14:28
问题莫名其妙,怎么加的,加完了想干什么都要说清楚
作者
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wanghao12000    时间: 2022-2-16 16:00
sobereva 发表于 2021-12-23 14:28
问题莫名其妙,怎么加的,加完了想干什么都要说清楚

老师,我想在VMD 中建的水盒子里面添加Licl,这个改怎么弄呢?建完模型之后再用NAMD计算,谢谢您
作者
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sobereva    时间: 2022-2-17 08:30
wanghao12000 发表于 2022-2-16 16:00
老师,我想在VMD 中建的水盒子里面添加Licl,这个改怎么弄呢?建完模型之后再用NAMD计算,谢谢您

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
作者
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wanghao12000    时间: 2022-2-17 12:30
sobereva 发表于 2022-2-17 08:30
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473(http://bbs.keinsci.com/thread-12 ...

谢谢老师,我想到这个办法了,但是LI离子的这个pdb文件去哪里找呢?谢谢老师
作者
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sobereva    时间: 2022-2-17 13:02
wanghao12000 发表于 2022-2-17 12:30
谢谢老师,我想到这个办法了,但是LI离子的这个pdb文件去哪里找呢?谢谢老师

gview之类程序画一个保存
作者
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wanghao12000    时间: 2022-2-17 14:36
sobereva 发表于 2022-2-17 13:02
gview之类程序画一个保存

好的谢谢老师
作者
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wanghao12000    时间: 2022-2-19 17:16
sobereva 发表于 2022-2-17 13:02
gview之类程序画一个保存

老师,我生成pdb文件了,要怎么生成psf文件啊,我用拓扑文件,只能生成水的psf,没有离子的psf文件,谢谢您

作者
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sobereva    时间: 2022-2-19 20:03
wanghao12000 发表于 2022-2-19 17:16
老师,我生成pdb文件了,要怎么生成psf文件啊,我用拓扑文件,只能生成水的psf,没有离子的psf文件,谢谢 ...

我不用NAMD
作者
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wanghao12000    时间: 2022-2-20 13:43
sobereva 发表于 2022-2-19 20:03
我不用NAMD

好的谢谢您,我找到方法了




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