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标题: 高斯计算C-N的BDE和iBOND结果相差较多 [打印本页]

作者
Author: lucies123 时间: 2021-12-23 14:43
标题: 高斯计算C-N的BDE和iBOND结果相差较多
想要用BDE来衡量我的CNO有机分子中，N上接不同取代基对C-N的断键的影响，就用了两个小分子试算了一下。计算结果和iBOND上的参考值不太一样，想来请教下原因。
mol_1: (, 下载次数 Times of downloads: 12) mol_2： (, 下载次数 Times of downloads: 10)
图片里是查到的参考值（均为气相）

高斯计算C-N的BDE，计算方法如下：

优化分子和片段构象：# opt freq b3lyp tzvp empiricaldispersion=gd3bj
取最低能量构象，计算单点能：# m062x def2tzvpp
BDE=断键后片段能量（单点能+焓校正）-断键前分子能量（单点能+焓校正）

计算BDE结果
mol1: 65.4 kcal/mol;
mol2: 74.5 kcal/mol；

用结构优化后的Sum of electronic and thermal Enthalpies 反而结果更接近一点？但取代基的影响与参考值仍不同
mol1: 55.2 kcal/mol
mol2: 66.1 kcal/mol

因为我自己的化合物体系更大一点，是否要用其他的方法来衡量C-N键的强弱更合适？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-23 15:03
“iBOND上的参考值”也应该给出。不然怎么知道具体相差多少

作者
Author: lucies123 时间: 2021-12-23 15:49

zjxitcc 发表于 2021-12-23 15:03
“iBOND上的参考值”也应该给出。不然怎么知道具体相差多少

图片上的就是iBOND的参考值

作者
Author: Freeman 时间: 2021-12-23 19:42
我觉得这吻合得已经很好了。ibond上的数据是机器学习出来的，精度肯定比不上ab initio的。如有出入，应该以计算数据为准。

作者
Author: linhai093 时间: 2021-12-23 20:59

Freeman 发表于 2021-12-23 19:42
我觉得这吻合得已经很好了。ibond上的数据是机器学习出来的，精度肯定比不上ab initio的。如有出入，应该以 ...

纠正一下，是实验数据，每个数据后面都有参考文献

作者
Author: lucies123 时间: 2021-12-23 21:26

Freeman 发表于 2021-12-23 19:42
我觉得这吻合得已经很好了。ibond上的数据是机器学习出来的，精度肯定比不上ab initio的。如有出入，应该以 ...

谢谢您的回复。主要是觉得看iBOND上的结果，取代基对C-N键能的影响和我自己计算出来的影响相反，就不太确定是否能用BDE去估量我自己的体系。

作者
Author: Freeman 时间: 2021-12-23 21:41

linhai093 发表于 2021-12-23 20:59
纠正一下，是实验数据，每个数据后面都有参考文献

诶呀，不好意思，跟另一个数据库记混了。

作者
Author: linhai093 时间: 2021-12-23 21:51

Freeman 发表于 2021-12-23 21:41
诶呀，不好意思，跟另一个数据库记混了。

你说的估计是罗三中的那个

作者
Author: Freeman 时间: 2021-12-23 22:01

linhai093 发表于 2021-12-23 21:51
你说的估计是罗三中的那个

确实2333

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