计算化学公社

标题: 过渡态构象搜索是用什么工具实现的？ [打印本页]

作者
Author: sai77 时间: 2021-12-23 16:07
标题: 过渡态构象搜索是用什么工具实现的？
请问这个文献里的过渡态构象搜索是用什么工具实现的？
我在论坛里学习了构象搜索的一些帖子，比如使用Confab联用Molclus做构象搜索。
但是对于这种复杂的体系，好像Confab就无能为力了。

文献里的描述：
we fixed the orientation of organocatalyst 6a and fixed the new C-C single bond. Then, we rotated the two
substrates of 2-benzothiazolimine 1a and an enolate of 2a around the axis, thus obtaining several new initial
structures of the transition states (with every rotational angle about 30˚ to 45˚) and optimized them in Gaussian.

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2021-12-23 16:18
这种不好搞，文章里应该是手动转键了。暂时没啥黑箱一劳永逸的做法。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 16:55
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“过渡态构象搜索”改了，以后务必注意

molclus里settings.ini中设置freeze直接就可以在构象搜索过程中设置对哪些原子冻结，从而实现对过渡态的构象搜索，这里说过http://bbs.keinsci.com/thread-26807-1-1.html

没必要非得用文中那种旋转的做法，看起来会得到很多无意义的初始结构

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-12-23 16:57
求一下文章的链接，我想了解一下，谢谢！

作者
Author: sai77 时间: 2021-12-23 17:00

Kikyou 发表于 2021-12-23 16:57
求一下文章的链接，我想了解一下，谢谢！

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.202112226

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-12-23 17:04

sai77 发表于 2021-12-23 17:00
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.202112226

谢谢谢谢~

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-12-23 18:05

sai77 发表于 2021-12-23 17:00
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.202112226

我看了下，他好像就是手动转了上面那两个分子的位置，然后固定了一系列的角度（形成了不同的氢键）开始搜索过渡态的。他也提到有些固定的角度找到了同一种过渡态，有些找不到过渡态。

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