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标题: 请教 关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“的疑问 [打印本页]

作者
Author:
yejlyejl    时间: 2021-12-23 20:25
标题: 请教 关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“的疑问
Sob老师,读了您的关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“文章 http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
以及论坛中其他人所提问题的问答

http://bbs.keinsci.com/thread-14825-2-1.html [新手求助] 关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“的例子中的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-14207-1-1.html [综合交流] “谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”一文的疑问
http://bbs.keinsci.com/thread-10535-1-1.html [综合交流] 读完博文“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”后几个问题的请教

还是有些疑问需要请教一下

您在这篇文章中所给的例子中:
先在第1,2步计算此体系的气相标况自由能
(1)关键词是B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=ethanol),即对应SMD溶剂模型表现乙醇环境的情况下用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*对体系进行优化和振动分析。

(2)关键词是B2PLYPD3/def2TZVP geom=allcheck,即使用较好的B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别基于(1)的结构计算真空下较高精度电子能量


再据此计算环氧乙烷在气相下、标况下(298.15K、1 atm)的自由能。
1、在1.out中搜索Gibbs可找到下面这行

Thermal correction to Gibbs Free Energy=        0.033857
即自由能的热校正量为0.033857Hartree。
2、然后在2.out中读取电子能量,结果是-153.7254582 Hartree,

因此此体系的气相标况自由能为-153.725458+0.033857=-153.691601Hartree。

这里 第1步所得的自由能的热校正量是考虑溶剂效应后得到,和气相下得到的有一点差异。
用G09 D01
1、按第1步设置【optfreq scrf(SMD,solvent=ethanol)】计算的校正量是: 0.033825 (sob老师附件用G16A03的结果是0.033857)

2、用第1步考虑溶剂效应优化的结构【opt scrf(SMD,solvent=ethanol)】,作气相下的freq计算,校正量是:0.033714

3、按第1步设置,不考虑溶剂效应【opt freq】的校正量是: 0.033852


疑问:第一步考虑溶剂效应得到的 自由能的热校正量,和3,4步算的溶解自由能  是不是有重复?

另外,如果需要上述这样校正的话,气相下自由能直接改用热力学组合方法算出后,是否还需要加上1.out中的Thermal correction to Gibbs Free Energy进行校正?

谢谢!


作者
Author:
sobereva    时间: 2021-12-26 15:05
带不带隐式溶剂模型,通常做opt freq得到的热力学校正量的差异可以忽略不计,所以完全没必要刻意在气相下做opt freq得到所谓的严格意义的气相下的自由能热校正量。仅当溶剂模型严重影响势能面时(诸如体系局部显离子性)才可能导致明显差异;对于这种情况,计算溶剂下自由能时,应当用带溶剂模型时做opt freq得到的自由能热校正量当做此体系的气相下的自由能热校正量。
作者
Author:
yejlyejl    时间: 2021-12-26 18:18
谢谢Sob老师!!




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