计算化学公社

标题: 计算十碳醇与长链烷基酰胺弱相互作用，虚频如何解决 [打印本页]

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-24 16:53
标题: 计算十碳醇与长链烷基酰胺弱相互作用，虚频如何解决
各位老师，我最近在计算十碳醇与长链烷基酰胺弱相互作用，优化后出现虚频，按照http://sobereva.com/278老师给出的方法也没有解决！也可能是我的关键词不对，请大家帮忙看一下，详情可见附件

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Author: WaterMirror 时间: 2021-12-25 02:12
可以尝试：1.提高收敛限，如果你是用G09的话，可以尝试G16的收敛限。
2.将体系沿着虚频的震动方向移动一下，随后使用gdiis方法收敛。

作者
Author: scf 时间: 2021-12-25 05:39
本帖最后由 scf 于 2021-12-25 05:48 编辑

目测链烃的氢原子都处于重叠式的构象，我不确定这个构象是不是局域极小值。如果不是可能会有很多转动的虚频。调整一下初始结构，结合gaussview那个clean; 再用一些包括色散修正的低水平的方法，比如PM7/xtb,预优化/构象搜索到更合理的结构，再用DFT算算看

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-25 10:56
好的，感谢两位老师的建议

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-25 18:57
明确强调，http://sobereva.com/278里的消虚频的做法不存在任何遗漏，你所谓的没有解决纯粹是没有领会文中所说的方法、结合实际情况去尝试，或者根本就没好好认真看文章，绝对不要说成是文章里的做法无效。诸如2L提到的按照虚频模式位移结构的做法，难道我的博文里没提么？

你口头上说有虚频，连个输出文件都不给、虚频模式的截图也不发、也不说你都尝试了文中哪些做法，没人能准确帮助你。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-25 18:59

WaterMirror 发表于 2021-12-25 02:12
可以尝试：1.提高收敛限，如果你是用G09的话，可以尝试G16的收敛限。
2.将体系沿着虚频的 ...

G09和G16的几何优化和SCF收敛限都是完全相同的

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-26 11:11
不好意思sob老师，是我求助时没有表达清楚，附件也上传错误，没有给out文件。是没有完全领会您给出的解决方法，并不是您的方法存在遗漏，请您谅解。我重新上传下求助附件，也麻烦各位老师帮我看一看。因为是自学gaussian，一些知识还没有学到，很感谢各位老师的建议，特别感谢sob老师的各种学习教程，受益匪浅！

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-26 11:24
另外还在sob老师的博文（DFT-D色散校正的使用）中看到：注意G09 D.01版D3(BJ)计算频率时色散校正的贡献是不完全准确的，因为忽略掉了依赖于r^-8的那项。对于力常数较大（较硬）的振动模式这个问题的影响可忽略，但对于力常数较小（较软）的振动模式就会造成一定误差，往往会导致虚频的出现（即便优化后已经准确处在极小点位置了）。但是零阻尼没有这个问题，所以G09 D.01的用户如果要算频率的话，还是在零阻尼下优化为宜。不过D3(BJ)的这个问题在G09 E.01版已经得到了修正。
是不是有可能我计算用的版本不行，或者用零阻尼优化会更好？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-27 01:07

NSNan 发表于 2021-12-26 11:24
另外还在sob老师的博文（DFT-D色散校正的使用）中看到：注意G09 D.01版D3(BJ)计算频率时色散校正的贡献是 ...

用零阻尼，到时候如果还有虚频再上传输出文件

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-27 09:24
好的，谢谢sob老师

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-27 17:56
sob老师您好，感谢您昨天的建议，我重新做了优化和频率分析，发现还有一个虚频，现在上传一下gif文件和out文件，麻烦您再帮忙看看，我后续是否需要把关键词写成b3lyp/6-311g(d,p) opt=(calcfc,tight) int=ultrafine em=gd3。非常感谢您能百忙之中多次给出建议，您的无私奉献精神值得我永远学习！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-27 18:03

NSNan 发表于 2021-12-27 17:56
sob老师您好，感谢您昨天的建议，我重新做了优化和频率分析，发现还有一个虚频，现在上传一下gif文件和out ...

加上tight、recalc=5

另外，你当前的结构大概率不是能量最低构型，实际能量最低结构下两个部分尾巴的烃链大概率应当通过色散作用吸到一起

作者
Author: NSNan 时间: 2021-12-27 20:54
谢谢sob老师的帮助，那我这个构型能量最低要怎么进行调整呢，是直接加上tight、recalc=5就行还是我先手动调整下结构

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