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标题: 自己组装服务器主要跑MD，大家看看我的配置合理吗(已完结) [打印本页]

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-25 23:11
标题: 自己组装服务器主要跑MD，大家看看我的配置合理吗(已完结)
本帖最后由 Feltonbaby 于 2021-12-28 20:53 编辑

服务器配置最终版已敲定，感谢各位大神的解答！

图中价格为我找的一家代理商给的报价（因为好走报销程序），仅供参考！！！

作者
Author: abin 时间: 2021-12-26 12:24
自然造价这么高了,
额外一个120GB硬盘, 单独做系统.

现有的PM9A1, 仅仅用来做读写, 比如放在 /tmp

配置一个8TB 或者 16TB机械, 用来存数据.
记忆中, MD的轨迹比较大, 来一个大容量机械比较合理.

如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,
可以不用这么高配置的CPU.

内存量, 根据自己的应用场景搭配吧.

建议加装slurm调度, 就不用考虑CPU GPU之类的绑定事宜了.

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-26 15:45
固态2T了，我觉得机械盘可以在以后考虑

同意“如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,可以不用这么高配置的CPU.”

如果主要是自己用，倒不必装slurm调度。在开启超线程情况下，如果两个任务，分别指定了GPU，且指定使用的CPU核数之和小于总线程数，聪明的gromacs已经可以自动去调节CPU的核心，一般不会冲突，我自己也没遇到过跨核导致效率下降的问题。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-12-27 16:32
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-12-27 16:34 编辑

8375C应配3200MHz内存。
内存用不到单条32GB，“主要跑MD”。
FC140不支持LGA4189，不知你怎么想的，这小小的铜底能盖8375C？再者，FC140如此巨大的体积，能装2个？老老实实去找LGA3647/LGA4189专用散热器。
自己组机器，硬盘建议上JD自营买浦科特M10P，蹲秒杀价2199，各方面性能都比PM9A1强，性价比极高，还有JD售后保障。
你预算这么多，甚至可以买Intel D7 P5510 3.84TB，4500左右拿下，数据中心盘和消费级盘的性能、耐用度完全不在一个层次。
另，MD机器用8375C带3080Ti属实浪费，这CPU估计足够带动未来浮点性能再翻一倍的4090。3080Ti用W-3175X带就足够，缺点是只能组单路，不能让2张卡跑一个任务。

作者
Author: wolfli369 时间: 2021-12-27 19:01
双路xeon 8375C支持3200MHz的16根内存，就不要2666的了。FC140能配置4189的扣具吗？还有就是能压制TDP300W吗？

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-27 20:38

wolfli369 发表于 2021-12-27 19:01
双路xeon 8375C支持3200MHz的16根内存，就不要2666的了。FC140能配置4189的扣具吗？还有就是能压制TDP300W ...

我这个散热写草率了，后来查了一下FC140确实不行，还是换了猫头鹰的U12-S DX4189。还有我想请教一下内存频率对计算速度的影响大吗

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-27 20:54

Entropy.S.I 发表于 2021-12-27 16:32
8375C应配3200MHz内存。
内存用不到单条32GB，“主要跑MD”。
FC140不支持LGA4189，不知你怎么想的，这小 ...

多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边走公对公转账去京东搞秒杀什么的搞不了。CPU要好一些是因为平时也有Gaussian这样量化程序的需求。还有就是我不是很明白3200MHz比2666MHz的内存对计算的速度有多大的影响？因为换成3200MHz的话预算会涨不少。还有就是P5510这种硬盘在淘宝上买的话买到矿盘的几率大吗？

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-27 21:00

牧生发表于 2021-12-26 15:45
固态2T了，我觉得机械盘可以在以后考虑

同意“如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,可以不用这么高配置的CPU ...

感谢回复，如果用CP2k去跑QM/MM的话，是不是GPU主要起加速作用，还是要CPU也强才可以呀？我想直接到位组个cpu很好的，这样出了MD也可以兼顾其他应用。不知道这样合理吗？

作者
Author: ghost 时间: 2021-12-27 21:00

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:54
多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边 ...

我觉得内存的频率最起码和cpu的匹配，8375是支持3200的，用3200频率没啥不妥。固态盘我是觉得价格总有个底线，如果比市场价低一半或者更多，那货肯定是有问题的。

作者
Author: ghost 时间: 2021-12-27 21:05
还有个问题，装两个3080ti的显卡，不碍事吗？

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-27 21:18

ghost 发表于 2021-12-27 21:05
还有个问题，装两个3080ti的显卡，不碍事吗？

啊，请问两块显卡碍事是指散热还是对整机运行效率有影响？因为这个问题我看到有不少人说双路CPU最好配两张显卡，因为PCI总线拓扑的原因，总会有一个CPU和另一个PCI设备通讯延迟高从而导致并行效率下降。

作者
Author: wolfli369 时间: 2021-12-27 21:53

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:38
我这个散热写草率了，后来查了一下FC140确实不行，还是换了猫头鹰的U12-S DX4189。还有我想请教一下内存 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-109-1-1.html这里面讨论了内存频率对运行性能的影响

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-12-27 22:14

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 21:18
啊，请问两块显卡碍事是指散热还是对整机运行效率有影响？因为这个问题我看到有不少人说双路CPU最好配两 ...

3080Ti发热很大，实际安装最好给每张卡4个PCIe空间，这需要很大的机箱来支持。注意查一下主板手册，分别插到两颗CPU引出的PCIe x 16接口上，可以实现一颗CPU管一块GPU的效果

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-12-27 22:32

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:54
多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边 ...

2666换到3200，内存带宽提升20%，在并行度高时差距就明显了。DDR4 3200MHz ECC-RDIMM 16GB内存市价500左右，16根就是8000，都不到1颗CPU的价格。32GB*16是没有必要的，1核分4GB内存就差不多了，又不是量化专用机。

P5510目前还不能被清零，是否矿盘拿来看一下SMART便知。下单前和商家确认是否全新

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-12-27 22:39
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-12-27 22:41 编辑

另，MD轨迹文件普遍很大，2张3080Ti，4TB的SSD肯定是不够的，一刻不停地跑，一个月差不多就满了。建议加1-2块WDC Ultrastar DC HC550 18TB，去TB北京硬盘之家，这个靠谱且便宜，现在价格1915，一直在降价，开票加税点3%，我在那买了n块盘了，有1块因为使用不当坏掉，2周换新到手。非广告

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-28 10:43
本帖最后由牧生于 2021-12-28 10:49 编辑

现在觉得，一千个人，有一千种看法。只要商家给出的机子，能跑得起来，而且自己对速度满意，价格虽然也不可能拿到所谓的最低价，只要不离谱，自己能接受，就基本OK了，不可能做到尽善尽美。

这都取决于自己使用的场景和钱的多少。我的机子，只有自己在用，硬盘不大，只有1T固态，我觉得很好。两个显卡1080TI和3090,内存16X12=192G，电源是长城1250W（虽然说的不推荐，有弊端，但我小心翼翼的用着，也没明显问题），CPU 6149双路，带3090，最高能发挥到85%的GPU利用率，我已经满意了。

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-28 18:55

Entropy.S.I 发表于 2021-12-27 22:39
另，MD轨迹文件普遍很大，2张3080Ti，4TB的SSD肯定是不够的，一刻不停地跑，一个月差不多就满了。建议加1-2 ...

已采纳，谢谢你的建议！

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2021-12-28 19:43
本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2021-12-28 19:45 编辑

8375C发热量比较大还加了两个3080Ti 我很怀疑顶不顶得住不知道你准备用什么散热/机箱？
如果你买散件自己装软硬件的话其实我觉得你这个预算差不多能分开买两台了一台4万的8375纯CPU节点一台GPU节点配铂金1代的CPU（除gpu外 16k的预算差不多能买个1代铂金）
存储其中一台兼任然后不到2000块钱买两张IB卡+线直连
-----
啊刚没注意到已经敲定了当我没说（（

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-28 20:32

KiritsuguPapa 发表于 2021-12-28 19:43
8375C发热量比较大还加了两个3080Ti 我很怀疑顶不顶得住不知道你准备用什么散热/机箱？
如果你买散件自 ...

嗯，发热应该还好，我们的服务器都是集中放在一个空调房内，而且机箱配了台达的工业风扇，应该问题不大。毕竟我们目前主机还是比较少的，我这台也是目前配了自用，以后有条件了可能会换多台主机加万兆网卡和slurm管理节点。感谢回复

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2021-12-28 21:08

牧生发表于 2021-12-28 10:43
现在觉得，一千个人，有一千种看法。只要商家给出的机子，能跑得起来，而且自己对速度满意，价格虽然也不可 ...

6149可以带的动3090已经很不错了啊，我们也是年底了剩余一些经费要花出去，然后就和老师商量买了一台电脑，我们这边报销很麻烦，所以不太好分开采购，只能找代理统一采购好给我中间还要多加10%的税。买到最低价肯定是不可能的了但是价格也能接受吧，主要是好用就行。我们导师说总得让别人挣点钱，我觉得也挺有道理的。

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2021-12-30 14:43
这个配置散热要爆炸，如果不做特殊处理会降频。。。

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2022-1-4 21:53

啦啦黑还黑发表于 2021-12-30 14:43
这个配置散热要爆炸，如果不做特殊处理会降频。。。

显卡用的是涡轮卡，卖家给我说会做出厂压力测试，加装了风压扇。应该还可以？到时候到货了我亲自测一下看看。

作者
Author: lao7 时间: 2022-4-27 03:30
内存换成单根32G的吧插槽有限方便以后升级

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2022-5-6 11:32

啦啦黑还黑发表于 2021-12-30 14:43
这个配置散热要爆炸，如果不做特殊处理会降频。。。

最后实测温度控制还是不错的，现在北京接近30度的天气，CPU满载温度64度和65度，显卡同时满载温度56度。

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