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标题: 为什么用同样的分子结构产生xyz和pdb文件用xtb计算单点结果稍有不同 [打印本页]

作者
Author: WaterMirror 时间: 2021-12-26 00:55
标题: 为什么用同样的分子结构产生xyz和pdb文件用xtb计算单点结果稍有不同
本帖最后由 WaterMirror 于 2021-12-26 00:58 编辑

尊敬的老师：
我在G16中随便用默认的模板（一个七元环），确保是相同坐标，生成了一个xyz文件和一个pdb文件，分别调用xtb计算单点，但是结果却稍有不同，请问这是什么原因呢？

谢谢各位老师！ (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-26 01:35
pdb文件里坐标只保留三位小数。由于收敛限不可能无穷严，显然初始结构轻微偏差会影响计算结果

作者
Author: WaterMirror 时间: 2021-12-26 01:41

sobereva 发表于 2021-12-26 01:35
pdb文件里坐标只保留三位小数。由于收敛限不可能无穷严，显然初始结构轻微偏差会影响计算结果

哦哦好的谢谢卢老师！那每一批计算应该都严格保证都用相同格式（后缀名）的文件了！

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-26 05:56

WaterMirror 发表于 2021-12-26 01:41
哦哦好的谢谢卢老师！那每一批计算应该都严格保证都用相同格式（后缀名）的文件了！

不要用pdb格式结构做量化计算，坐标可能精度不够。

作者
Author: WaterMirror 时间: 2021-12-26 10:29

snljty 发表于 2021-12-26 05:56
不要用pdb格式结构做量化计算，坐标可能精度不够。

哦哦好的谢谢老师

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