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标题: 使用CGenFF力场模拟氧化石墨烯时，能量极小化一步都没有做，就自动停止了 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-26 23:36
标题: 使用CGenFF力场模拟氧化石墨烯时，能量极小化一步都没有做，就自动停止了
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-27 08:59 编辑

各位老师，我使用CGenFF力场模拟氧化石墨烯时，遇到一个奇怪的问题，能量极小化一步都没有做，就自动停止了（如图，软件提示能量极小化进行了-1步，原子上的最大受力也不显示），gromacs版本2018.4和2019.6都试了，都会这样，模拟所需的全部文件已经上传 (, 下载次数 Times of downloads: 10) ， (, 下载次数 Times of downloads: 3) ，模拟的命令如下，
gmx editconf -f structur_ini.pdb -o system-box.gro -d 1 -bt cubic

gmx solvate -cp system-box.gro -o system-water.gro -p topol.top

gmx grompp -f em.mdp -c system-water.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral (这里有交互式，要选SOL组）

gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr

gmx mdrun -v -deffnm em -ntmpi 1

模拟过程没有报错，就是能量极小化不计算。（大家如果感兴趣的话，可以按照命令做一遍模拟，排查一下卡住的原因可能是什么，非常感谢大家的帮助）
补充说明：拓扑是按sob老师的文章http://sobereva.com/266里面CGenFF官方工具的使用说明得到的
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-27 01:03
都告诉你了原子重叠力无穷大了，仔细检查文件确认原子重叠

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-27 09:07
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-27 09:10 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-27 01:03
都告诉你了原子重叠力无穷大了，仔细检查文件确认原子重叠

感谢您的提醒，我之前没往这方面想，我现在上传了初始结构，即285-7.mol2，该结构没有原子重叠，是用于生成拓扑的初始文件。

请问是否可以认为，cgenff官方服务器不能正确判断初始结构，导致生成的拓扑出现原子重叠，想模拟初始结构必须更换力场？

另外同样是氧化石墨烯，用mktop试图生成opls-aa的力场模拟，结果mktop卡住不计算（详情请跳转到另一帖），想请教一下大佬能否为解决mktop卡住支支招，非常感谢

，
http://bbs.keinsci.com/thread-27118-1-1.html

ligpargen是超过原子数了不能用，mktop计算卡住，TPPmktop是一直在排队轮不到我用，acpype生成的GAFF是描述环氧官能团不准确，模拟时结构变形厉害，最后崩溃，acpype生成的OPLS-AA我看了是缺参数，有很多原子参数是写成了opls-x，我自己手动补这些参数也很难，因为原子数太多了。cgenff产生的拓扑是让原子重叠。氧化石墨烯看似简单，但我却模拟到几乎山穷水尽的地步。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-27 09:09

a9471163 发表于 2021-12-27 09:07
感谢您的提醒，我之前没往这方面想，我现在上传了初始结构，即285-7.mol2，该结构没有原子重叠，是用于生 ...

拓扑文件里又没有原子坐标。。。。。看的是你的gro文件

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-27 09:15
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-27 09:31 编辑

谢谢提醒，经检查，gro有问题，样子如图。但gro是官方脚本cgenff_charmm2gmx.py把mol2转成pdb，再用gromacs转pdb得到的gro,我初始mol2没问题，还是官方脚本有问题啊，真是万万没想到会识别错我的分子。要是没您的提醒，我就算想一万次也不会怀疑官方脚本转换一个文件的时候，能改变它里面的原子坐标，从而使得原子重叠，可这种事情就发生了。官方脚本把所有原子的Z坐标都压平到同一个平面了

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-5 16:41
你好，关于你提到的sob转换拓扑文件的方法，你是用的哪一种？sobtop吗？具体生成氧化石墨烯的拓扑文件，是怎么步骤？希望能不吝赐教

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