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标题: CGenFF力场模拟有机小分子双酚A，报错提示bond参数超过范围 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2021-12-27 14:53
标题: CGenFF力场模拟有机小分子双酚A，报错提示bond参数超过范围
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-27 16:50 编辑

各位老师，当我准备做能量最小化，运行gmx grompp -f en.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr 时，提示报错，报错内容如图。
模拟时所用的文件已经打包上传。大家运行同样的命令应该会遇到这种报错。
想请教一下如何解决报错呢，itp文件是用CGenFF力场的官方工具生成的，之后没有进行手动的改动，按理说不会有错误啊。
另外，想请教too few parameters这个警告重复了30多次，它会不会影响模拟呢

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16时41分补充说明：问题已解决，图左侧是正确的atoms 图右侧是官方工具生成的itp里面的atoms，很明显有误，我手动一个个改过来以后，总算能模拟了，对于如何正确使用官方的cgenff_charmm2gmx.py，不知道各位大佬有没有什么好的建议，我是按sob老师文章《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》中的说明来操作官方的cgenff_charmm2gmx.py从而转文件格式，没想到转过来的itp有这么大的BUG，这是脚本BUG么

我明白了一些，这好像是要把残基名Molecule Name 改成Molecule就行，其他的不用动，算是个小错误吧，不是大问题
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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-27 19:34
去charmm-gui生成力场，不要用那个CGenFF

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Author: a9471163 时间: 2021-12-27 21:52

喵星大佬发表于 2021-12-27 19:34
去charmm-gui生成力场，不要用那个CGenFF

感谢大佬，想请教一下MMFF力场的拓扑生成工具除了SwissParam还有没有可以供gromacs使用的呢，sob老师说SwissParam能用但参数比较粗糙

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-27 22:50
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-27 23:59 编辑

a9471163 发表于 2021-12-27 21:52
感谢大佬，想请教一下MMFF力场的拓扑生成工具除了SwissParam还有没有可以供gromacs使用的呢，sob老师说Sw ...

别用那个，类似MM系列，MMFF94系列这些高精度有机力场适合孤立体系，单分子这些类型模拟，根本不适合凝聚相模拟

Gromacs也不支持，一定要用可以用Tinker，内置有参数

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Author: a9471163 时间: 2021-12-28 10:32
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-28 10:36 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-27 22:50
别用那个，类似MM系列，MMFF94系列这些高精度有机力场适合孤立体系，单分子这些类型模拟，根本不适合凝聚 ...

嗯嗯，谢谢您，那用CGenFF力场模拟凝聚相体系可以么，应该是没问题吧，我看到有人在用CGenFF模拟GO跟小分子相互作用。另外有篇science子刊题为Ultrathin thermoresponsive self-folding 3D graphene用CGenFF力场模拟聚合物，从图里可知盒子里聚合物有36个，聚合物质量已经是水分子质量的10%了，应该不算孤立体系，应该是凝聚相体系吧。
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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-28 10:35

a9471163 发表于 2021-12-28 10:32
嗯嗯，谢谢您，那用CGenFF力场模拟凝聚相体系可以么，应该是没问题吧，我看到有人在用CGenFF模拟GO跟小分 ...

可以

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Author: a9471163 时间: 2021-12-28 10:39

喵星大佬发表于 2021-12-28 10:35
可以

好嘞，感谢~我这边有CGenFF力场模拟O/C=0.6（这个比例高于一般文献做的GO）的GO的结果，确实不像gaff力场那样出现模拟崩溃的问题，模拟非常顺利，不过含环氧基的环还是稍微有点形变，您看这形变程度能接受么，文献虽然用这个力场模拟了氧化石墨烯，但他的含氧量低啊
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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-28 10:58
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-28 11:00 编辑

a9471163 发表于 2021-12-28 10:39
好嘞，感谢~我这边有CGenFF力场模拟O/C=0.6（这个比例高于一般文献做的GO）的GO的结果，确实不像gaff力场 ...

当然不能接受，先尝试调整初始构型，保证不会出现一个C的4个键指向同一方向，然后再看

不行的话可以用UFF

而且你这周围飞行的蓝色球体是什么玩意，再就是末端出现了C-H-H的结构，肯定生成拓扑文件不对

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-28 12:53
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-28 13:18 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-28 10:58
当然不能接受，先尝试调整初始构型，保证不会出现一个C的4个键指向同一方向，然后再看

不行的话可以用 ...

谢谢提醒，蓝色球是钠离子，C-H-H应该是CGenFF官方工具给我生成的拓扑有误，把氧原子判断成氢原子了。话说这个苯环变形跟初始结构还有关系么，模拟过程中不就自发调整结构到合适的情况么

补充说明：cgenff官方工具有点不靠谱，明明是氧居然能判断成氢原子。然后模拟居然不报错，我也是惊呆了。
我估计没人有闲工夫把几千原子检查一遍看看原子种类有没有判断错的，最终就证明，想模拟氧化石墨烯还是用oplsaa力场吧，cgenff真不稳。当然氧化度低的氧化石墨烯，结构比较简单，那种情况不在讨论范围内

此外，我让初始结构的碳原子处于同一平面内，随后用materials studio里面的universal力场优化了结构，碳原子的朝向自发进行了调整，最终证明，碳原子确实不会像cgenff力场中的那样，变成一个C的4个键指向同一方向。结果如图

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Author: lyj714 时间: 2021-12-28 13:25

a9471163 发表于 2021-12-28 12:53
谢谢提醒，蓝色球是钠离子，C-H-H应该是CGenFF官方工具给我生成的拓扑有误，把氧原子判断成氢原子了。话 ...

你用法严重错误，cgenff那个脚本本来输入的mol2文件中的[MOLECULE]部分本来就不要乱命名，一般就三个字符，如gmx的那个cgenff教程中的jz4，因为这个部分的名称就会当做输出pdb和itp的残基名称。像你这种structure，Molecule Name这种乱七八糟的不出错才怪。
第二，元素名称问题，我严重怀疑的￥MS这的软件的锅，我就遇到过多次的，￥MS输出的pdb原子名称和最后一列的元素名称完全不一致，就是O和H的这种bug。我怀疑你的很可能就是这种情况，请检查￥MS输出的pdb内容

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-28 13:58
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-28 14:02 编辑

lyj714 发表于 2021-12-28 13:25
你用法严重错误，cgenff那个脚本本来输入的mol2文件中的[MOLECULE]部分本来就不要乱命名，一般就三个字符 ...

感谢大神的及时提醒，您说的对，我用的是materials studio产生的mol2，我检查了materials studio和GaussView产生的mol2，发现前者确实不标准，明明234号元素是氧，却记录成了氢，虽然materials studio的mol2载入GaussView和multiwfn不会判断错误，但vmd就会把这个记录不标准的氧判断成氢，所以cgenff判断错应该怪materials studio的mol2

如果用GaussView的mol2就非常好了，格式非常标准，这也是为什么很多老师都推荐GaussView产生的pdb和mol2.如图 (, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 29)

[MOLECULE]部分产生了长名称，这也是materials studio自动产生的，是materials studio不好用，如果用GaussView产生mol2会好得多

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-28 14:05
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-28 14:12 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-28 10:58
当然不能接受，先尝试调整初始构型，保证不会出现一个C的4个键指向同一方向，然后再看

不行的话可以用 ...

您好，“保证不会出现一个C的4个键指向同一方向”，这点我的初始结构已经做到了，我的初始结构用uff力场优化的，这个力场不会让一个C的4个键指向同一方向，用于模拟的初始结构如图。最终模拟证明，cgenff力场在能量最小化以后就会让某些碳的4个键指向同一方向，该力场不适合环氧基多的氧化石墨烯的模拟 (, 下载次数 Times of downloads: 31)

我个人认为，调整初始结构，保证不会出现一个C的4个键指向同一方向，然后再模拟是没必要的，因为能量极小化这一步就是软件自动帮我们调整初始结构了，所以没必要手动调整，当然我这边用uff力场调整了初始结构，使其符合您所说的要求，然后再做能量最小化和正式模拟，不论是能量最小化结束还是正式模拟结束，都存在某些C的4个键指向同一方向，这更加充分的证明cgenff力场参数的不适用性

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