计算化学公社

标题: 计算结果出现错误提示原子距离太近 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-20 22:35
标题: 计算结果出现错误提示原子距离太近
几何优化计算结果出现l202错误，提示原子距离太近（如图1）分子结构中有2个氢离得太近了，由于是共轭体系，用二面角调整工具会破坏分子构型。
请问GV画的时候怎么能够使得两个氢原子不至于太近（如图2）。是采用键长工具认为的缩短苯环上C-H键的长度么，这样可以么？
谢谢指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-20 23:11
如果你确定当前体系的结构就是这样的话，把一个氢原子往平面上方掰一点，另一个氢往下平面下方掰一点，然后优化。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-20 23:48
可以尝试使用低级别加上geom=nocrowd忽略这个检查做预优化。以及放到Chem3D里MMFF94一下也肯定能解决。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-21 15:26

sobereva 发表于 2016-2-20 23:11
如果你确定当前体系的结构就是这样的话，把一个氢原子往平面上方掰一点，另一个氢往下平面下方掰一点，然后 ...

谢谢老师！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-21 15:40

sobereva 发表于 2016-2-20 23:11
如果你确定当前体系的结构就是这样的话，把一个氢原子往平面上方掰一点，另一个氢往下平面下方掰一点，然后 ...

请问用什么工具能够苯环上的C-H的氢原子往上翘，而不破坏整个苯环的结构，用什么工具能够实现?xiexie

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-21 15:41

liyuanhe211 发表于 2016-2-20 23:48
可以尝试使用低级别加上geom=nocrowd忽略这个检查做预优化。以及放到Chem3D里MMFF94一下也肯定能解决。

CHEM3D导出的gjf用GV读取经常出现错误情况！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-21 17:46

yezhonghua 发表于 2016-2-21 15:41
CHEM3D导出的gjf用GV读取经常出现错误情况！

文本文件打开之后把下面的LonePair原子（LP）都删掉，或者存储之前在Chem3D里Structure-LonePair-Remove。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-21 17:47

yezhonghua 发表于 2016-2-21 15:40
请问用什么工具能够苯环上的C-H的氢原子往上翘，而不破坏整个苯环的结构，用什么工具能够实现?xiexie

就去GV里调各种键长键角二面角就完了，看你对结构的理解，这个结构肯定不是平面的，哪里扭曲了靠你猜

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 16:30

liyuanhe211 发表于 2016-2-21 17:47
就去GV里调各种键长键角二面角就完了，看你对结构的理解，这个结构肯定不是平面的，哪里扭曲了靠你猜

人为的调整C-N键长，计算后没有问题了！谢谢指导

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 16:30

sobereva 发表于 2016-2-20 23:11
如果你确定当前体系的结构就是这样的话，把一个氢原子往平面上方掰一点，另一个氢往下平面下方掰一点，然后 ...

人为的调整C-N键长，计算后没有问题了！谢谢老师！

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