计算化学公社

标题: 计算得COF的HOMO/LUMO电子云分布，但电子云只在一个分子上显示 [打印本页]

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-28 11:32
标题: 计算得COF的HOMO/LUMO电子云分布，但电子云只在一个分子上显示
我主做化学合成的，但是在写作过程中需要一定的HOMO/LUMO的计算，现在遇到了一些问题不知道怎么解决，恳请各位帮助。本结构（图1）是我直接在文献中取的MS中模拟的结构，用氢原子封端得到的，但是计算出来的结果如图2所示，正确的结构是图3这样的，计算方法为文献提供方法（即图4）想问问各位大佬，这种情况的问题大概是出在哪些方面？ (, 下载次数 Times of downloads: 21) (, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 25) (, 下载次数 Times of downloads: 37)

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Author: plus 时间: 2021-12-28 11:39
提高模型的对称性

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-28 11:39
有用过B3LYP算法，也用过RB3LYP和B3PW91，结果都是差不多的

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-28 11:41

plus 发表于 2021-12-28 11:39
提高模型的对称性

感谢您的回答！我用文献里的模型按道理来说应该是很对称的结构，或者，有什么办法可以提高对称性吗？我还尝试了固定原子的方法，得到的也是差不多的结果

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-28 11:46

plus 发表于 2021-12-28 11:39
提高模型的对称性

是不是有可能在跑的时候结构就给跑不对称了？那可不可以添加什么参数提高对称性呢？我已经尝试过固定封端的氢原子，但是结果差不多

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Author: sobereva 时间: 2021-12-29 02:56

啦啦啦qaz 发表于 2021-12-28 11:41
感谢您的回答！我用文献里的模型按道理来说应该是很对称的结构，或者，有什么办法可以提高对称性吗？我还 ...

先把此文看了，弄清楚Gaussian对对称性的利用
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

先让Gaussian判断出体系实际的点群再说

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-29 11:11

sobereva 发表于 2021-12-29 02:56
先把此文看了，弄清楚Gaussian对对称性的利用
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sob ...

十分感谢您亲自回答我的问题！在此之前我看到上一位回答者说是对称性的问题之后我就在本论坛检索了相关回答，其中就有您提到的这一篇。我还有以下三个问题，问题1：我按照该方法判断了点群，但是高斯判断的是C1点群，我的结构明明是更高的对称性才对（文献用MS模拟点群的结果是P-31M），请问这可能是哪里出现了问题呢？问题2：如果我要强行按照更高点群去计算，应该怎样操作呢？问题3：如果我的新结构在MS中就是P1的，那在高斯中计算是不是就得不到像文献中（本贴图3）那样的HOMO/LUMO分布？
不好意思老师，我主做化学合成的，可能我的问题都有些低级，还请您有空的时候不吝赐教。

作者
Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-29 11:24

sobereva 发表于 2021-12-29 02:56
先把此文看了，弄清楚Gaussian对对称性的利用
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sob ...

我从MS中转换文件格式的方法是：
1：在MS中选择结构并复制粘贴到Chemdraw 2D 中保存；
2：所保存的.cdx文件再由Chemdraw 3D打开并保存为.mol格式；
3：用Gussian view 打开.mol格式的文件，删除重复单元，用氢原子封端后保存成.gif，判断点群；
我是实验课题组的，我们转换文件都是用这种方式，但我用以上步骤转换的时候经常出现一个小问题，即在Gussian view显示出来的结构只有原子，没有键连
请问老师，我以上转换文件的步骤是不是有问题？如果有问题，那怎样从MS中得到高斯计算的输入文件呢？

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Author: granvia 时间: 2021-12-29 13:42
提醒一下：HOMO和LUMO指的是轨道，不是电子云。前者本质是波函数，有相位正负之别，后者是波函数的平方，反映电子的概率密度分布

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Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-29 14:10

granvia 发表于 2021-12-29 13:42
提醒一下：HOMO和LUMO指的是轨道，不是电子云。前者本质是波函数，有相位正负之别，后者是波函数的平方，反 ...

好的好的，多谢您的指教，我对这方面的学习确实还存在诸多不足。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-29 19:23

啦啦啦qaz 发表于 2021-12-29 11:24
我从MS中转换文件格式的方法是：
1：在MS中选择结构并复制粘贴到Chemdraw 2D 中保存；
2：所保存的.cdx ...

记住GaussView怎么拼

你的1、2步的做法不属于标准做法，对于很多情况都不适用
在gview里点击重新判断成键按钮
当前问题和M$没有任何直接联系。对于cif文件，gview直接就能打开和编辑，根本用不着M$，你列出的流程完全是自找麻烦

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-29 19:24

啦啦啦qaz 发表于 2021-12-29 11:11
十分感谢您亲自回答我的问题！在此之前我看到上一位回答者说是对称性的问题之后我就在本论坛检索了相关回 ...

恰当调整结构，先视觉上弄成近乎是高对称结构，然后在gview里做对称化，令gview判断出点群

作者
Author: 啦啦啦qaz 时间: 2021-12-30 01:02

sobereva 发表于 2021-12-29 19:24
恰当调整结构，先视觉上弄成近乎是高对称结构，然后在gview里做对称化，令gview判断出点群

好的老师！非常感谢您的回答，也十分感谢您指出我的拼写错误及转文件时出现的问题，我再进一步做出尝试，再次感谢您！

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