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标题: 轨迹中两区域接触次数的分析请教 [打印本页]

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-12-29 10:20
标题: 轨迹中两区域接触次数的分析请教
请问各位老师，这种接触次数的图像（图1，计算的是 siRNA 磷酸基团与脂质胆碱部分的接触次数的时间演变）是gmx自带命令可以计算的吗？（有的话怎么实现？）
还是需要例如VMD自写脚本呢？用VMD写脚本的话，是否哪里有相关的例子可以学习的？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-29 20:24
mindist可以

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如果需要更灵活的控制需要自己写脚本，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲得十分深入详细

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