计算化学公社

标题: CGenFF力场文件并转换成gromacs格式遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: yjw1204338757 时间: 2021-12-29 11:24
标题: CGenFF力场文件并转换成gromacs格式遇到的问题
最近要算一个有机小分子，网上找了小分子CGenFF力场的pdb，itp文件发现在GROMACS上不能用。于是根据这个帖子（http://sobereva.com/266）里面的步骤，在（https://cgenff.paramchem.org）网站上用pdb文件（帖子里面使用mol2文件生成的）生成了对应的Actos.str文件,并且根据步骤下载了python cgenff_charmm2gmx.py、charmm36-feb2021.ff并放到了同一个路径下，在使用python cgenff_charmm2gmx.py转换程序时出现报错，不存在networks。不知道有没有老师能知道问题在哪里，是不是缺少一个mol2文件还是要修改Python脚本？

显示的错误：
Traceback (most recent call last):
File "./cgenff_charmm2gmx.py", line 47, in <module>
import networkx as nx
ImportError: No module named networkx

报错的Python脚本部分：
# The program has been tested only on CHARMM stream files containing topology and parameters of a single molecule.

import string
import re
import sys
import os
import numpy as np
import networkx as nx

作者
Author: panernie 时间: 2021-12-29 12:13
把这些库配置好在使用

作者
Author: yjw1204338757 时间: 2021-12-29 14:19

panernie 发表于 2021-12-29 12:13
把这些库配置好在使用

您好，你指的库是哪个charmm36哪个库吗？

作者
Author: panernie 时间: 2021-12-29 16:19
networkx这个模块

作者
Author: yjw1204338757 时间: 2021-12-30 09:43

panernie 发表于 2021-12-29 16:19
networkx这个模块

这个模块搜了一下是Python里面的一个包，但是我找不到他在哪里，前面提到的报错是不是因为我没有这个包呢，是不是需要下载跟我这个体系相对应的networkx模块呢，编程这一块不怎么明白，能不能麻烦老师给个思路。

作者
Author: crush 时间: 2021-12-30 21:34

yjw1204338757 发表于 2021-12-30 09:43
这个模块搜了一下是Python里面的一个包，但是我找不到他在哪里，前面提到的报错是不是因为我没有这个包呢 ...

没有安装network模块，可以在用conda创建一个虚拟环境，用pip安装相应版本的networ模块 pip install network==版本号

作者
Author: yjw1204338757 时间: 2022-1-4 17:00

crush 发表于 2021-12-30 21:34
没有安装network模块，可以在用conda创建一个虚拟环境，用pip安装相应版本的networ模块 pip install netw ...

感谢老师，我去试一下

作者
Author: fanzhihua 时间: 2022-10-31 21:20

yjw1204338757 发表于 2022-1-4 17:00
感谢老师，我去试一下

loading a molecule into CGenFF.
Traceback (most recent call last):
File "cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py", line 1035, in <module>
anglpars = read_gmx_anglpars(filename)
File "cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py", line 153, in read_gmx_anglpars
for line in f.readlines():
UnicodeDecodeError: 'gbk' codec can't decode byte 0x92 in position 7640: illegal multibyte sequence
遇到过这个问题吗，这个怎么解决呀

作者
Author: Tadakoi 时间: 2023-8-5 17:39

fanzhihua 发表于 2022-10-31 21:20
loading a molecule into CGenFF.
Traceback (most recent call last):
File "cgenff_charmm2gmx_py3 ...

我也出现了这样的问题，请问解决了吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-5 21:13

Tadakoi 发表于 2023-8-5 17:39
我也出现了这样的问题，请问解决了吗

AuToFF可以帮你生成CGenFF力场的拓扑文件，但是因为CGenFF没有公开BCI的参数，所以没有匹配的原子电荷，你可以手动把CGenFF官网给你生成的电荷替换到itp文件里面。

作者
Author: Mary_p 时间: 2024-9-24 17:11

Tadakoi 发表于 2023-8-5 17:39
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

你好，请问问题解决了吗？我也遇到了这个问题

作者
Author: Mary_p 时间: 2024-9-24 17:12

fanzhihua 发表于 2022-10-31 21:20
loading a molecule into CGenFF.
Traceback (most recent call last):
File "cgenff_charmm2gmx_py3 ...

你好，问题解决了吗？这个要怎么解决，求助！

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-24 17:22
cgenff网页现在可以一键convert to gromacs然后直接下载用来跑gromacs的

作者
Author: yogbubble 时间: 2024-11-25 09:33

Mary_p 发表于 2024-9-24 17:12
你好，问题解决了吗？这个要怎么解决，求助！

我也遇到了这个问题，你看它报错的位置，最后是153行，然后错误是因为用的gbk解码，应该改成utf-8解码，你用记事本打开charmm2gmx.py，找到153行，把上面151行的f = open(filename, 'r')改成f = open(filename, 'r', encoding='utf-8')，我自己是这么解决的

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