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标题: 把蛋白和辅酶的复合物作为受体，如何用gmx_mmpbsa计算底物小分子的结合自由能？ [打印本页]

作者
Author: ecolitib 时间: 2021-12-29 14:59
标题: 把蛋白和辅酶的复合物作为受体，如何用gmx_mmpbsa计算底物小分子的结合自由能？
本帖最后由 ecolitib 于 2021-12-30 10:16 编辑

各位老师，有一个蛋白复合体含金属离子、NADP和底物小分子，index如下。把蛋白、金属离子和NADP分成一组（26）作为受体，想用gmx_mmpbsa计算底物小分子的结合自由能。命令：mpirun -np 8 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs ../md.tpr -ci ../mmpbsa_index.ndx -cg 26 15 -ct ../md.xtc -lm ../UNK.acpype/UNK_bcc_gaff.mol2

mmpbsa.in内容：
&general
startframe=2000, endframe=5000, verbose=2, interval=60,
forcefields="oldff/leaprc.ff14SB, leaprc.gaff"
temperature = 298.15,
/

&gb
igb=5, saltcon=0.150,
/

报错：
The unperturbed charge of the unit (-5.000000) is not zero.
FATAL:  Atom .R<NAP 706>.A<O3X 48> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<NAP 706>.A<O2X 47> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<NAP 706>.A<O1X 46> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<NAP 706>.A<P2B 45> does not have a type.

......
/miniconda3/envs/AmberTools/bin/teLeap: Fatal Error!
Failed to generate parameters

请问是哪里错了，如何解决？

  0 System             : 155088 atoms
  1 Protein          : 10599 atoms
  2 Protein-H          :  5261 atoms
  3 C-alpha          : 702 atoms
  4 Backbone          :  2106 atoms
  5 MainChain          :  2810 atoms
  6 MainChain+Cb       :  3426 atoms
  7 MainChain+H       :  3472 atoms
  8 SideChain          :  7127 atoms
  9 SideChain-H       :  2451 atoms
10 Prot-Masses       : 10599 atoms
11 non-Protein       : 144489 atoms
12 Ion                : 10 atoms
13 ZN                :    1 atoms
14 NAP                : 74 atoms
15 UNK                : 12 atoms
16 NA                :    9 atoms
17 Other             : 86 atoms
18 ZN                :    1 atoms
19 NAP                : 74 atoms
20 UNK                : 12 atoms
21 NA                :    9 atoms
22 Water             : 144393 atoms
23 SOL                : 144393 atoms
24 non-Water          : 10695 atoms
25 Water_and_ions    : 144403 atoms
26 Protein_ZN_NAP    : 10674 atoms

作者
Author: ecolitib 时间: 2022-1-4 16:35
命令里加参数 -cp topol.top。搞定。

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