计算化学公社

标题: 国产量化软件BDF正式商用 [打印本页]

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-1 18:26
标题: 国产量化软件BDF正式商用
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... &wx_header=0#rd

摘取原文：
鉴于BDF的现状，首期商业化版本将以荧/磷光材料发光机理和材料设计为主要应用目标……首期商业化的BDF将以DFT、TDDFT为主，包括基态与激发态KS、QM/MM、FLMO-TDDFT、SF-TDDFT、NAC-TDDFT、sf-X2C-SA-TDDFT/SOC、SA-TDDFT解析能量梯度和数值Hessian、稳定结构和过渡态优化、反应路径优化、隐式溶剂化模型、FLMO-NMR、基于局域轨道（FLMO）的性质计算和分析等特色功能。
商业化BDF版本的特色：高精度相对论方法；任意点群对称性；“自下而上”自洽场方法；高效轨道局域化；亚线性标度含时密度泛函方法；亚线性标度化学位移计算方法；自旋匹配开壳层含时密度泛函方法；基态与激发态旋轨耦合计算；基态-激发态以及激发态-激发态非绝热耦合矩阵元；化学结构和反应路径优化。

最近论坛上也有人说，买美国量化软件开始卡脖子了，属于实体名单的单位可能以后买不到某些软件了（http://bbs.keinsci.com/thread-26960-1-1.html），希望国产量化软件能解决量化计算的卡脖子问题

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-1 19:36

看来后面高攀不起了

作者
Author: snljty 时间: 2022-1-1 19:46

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2022-1-1 22:19
本帖最后由让你变成回忆于 2022-1-1 22:34 编辑

也可能是我对BDF不算了解，我身边用BDF貌似都是在TDDFT层面计算SOC。

还好ORCA的TDDFT能够计算SOC，不然又是下一个ADF了。
[/hide]

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2022-1-1 22:21
本帖最后由让你变成回忆于 2022-1-1 22:26 编辑

snljty 发表于 2022-1-1 19:46
**** 本内容被作者隐藏 ****

话说150分的权限大概是个什么级别？论坛里能看到的人占比大概多少。

作者
Author: xuhj199508 时间: 2022-1-1 22:48
本帖最后由 xuhj199508 于 2022-1-2 13:33 编辑

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2022-1-1 23:21
本帖最后由 ABetaCarw 于 2022-1-2 01:25 编辑

作者
Author: granvia 时间: 2022-1-2 00:02
BDF的logo厉害了，看上去是阴阳二字合体，代表薛定谔猫的生死态叠加？

作者
Author: scf 时间: 2022-1-2 02:03
不知道在Fortran vs C++上做了什么样的选择

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-2 02:29

scf 发表于 2022-1-1 19:03
不知道在Fortran vs C++上做了什么样的选择

大部分底层代码用Fortran，少部分用C，顶层调度用Python

作者
Author: 小范范1989 时间: 2022-1-2 08:29

让你变成回忆发表于 2022-1-1 22:21
**** 本内容被作者隐藏 ****
话说150分的权限大概是个什么级别？论坛里能看到的人占比大概多少。

。大兄弟好。
看这样子hzw要收购好多软件特别是国内的。
有点担心，multiwfn不会有一天被hzw收购，然后收费使用吧？

作者
Author: flyingchow 时间: 2022-1-2 11:57

小范范1989 发表于 2022-1-2 08:29
。大兄弟好。
看这样子hzw要收购好多软件特别是国内的。
有点担心，multiwfn不会有一天被hzw收购 ...

我感觉不会，Multiwfn要商用，也应该会找外国的公司合作。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2022-1-2 12:41

小范范1989 发表于 2022-1-2 08:29
。大兄弟好。
看这样子hzw要收购好多软件特别是国内的。
有点担心，multiwfn不会有一天被hzw收购 ...

凭对sob老师风格的了解，你这个担心纯粹是多余的~

作者
Author: 万里云 时间: 2022-1-2 12:57
希望hzw不要成为学术圈的司马杰克丁，挥着版权大棒毁坏整个生态。

国产的量子化学/密度泛函/分子动力学软件想要发展，不仅要解决缺钱的问题，缺人的问题也很严重。

计算软件不同于通用软件，专业性极强。只雇佣程序员是远远不够的，而且开出的资薪也吸引不到顶尖的程序员。靠学生和专职科研人员的话，符合要求的人就不多。人的精力有限，在计算机上倾注得多，分到学术上的少。而且很多人觉得那种拿别人程序算一算的课题没意思，文章发得就一般。

国内的科研环境和评价体系对做方法和程序的研究人员很不友好，甚至可以说是“好话说尽、坏事做绝”。每年基金动员都说鼓励自主，解决软件卡脖子问题。然而一到评审的时候……JCTC? JCP?那是什么垃圾期刊？还是资助这位有jacs/angew的人才吧。

作者
Author: granvia 时间: 2022-1-2 13:21

万里云发表于 2022-1-2 12:57
希望hzw不要成为学术圈的司马杰克丁，挥着版权大棒毁坏整个生态。

国产的量子化学/密度泛函/分子动力学 ...

JCTC国内是相当认可的

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-2 13:29

granvia 发表于 2022-1-2 13:21
JCTC国内是相当认可的

总的来说JCP上的文章一直以来都比 JCTC 不知道高到哪里去了，燃鹅已经下放到三房去了...

作者
Author: scf 时间: 2022-1-2 14:01
有骨气的发11区杂志

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-2 17:37

chrinide 发表于 2022-1-2 06:29
总的来说JCP上的文章一直以来都比 JCTC 不知道高到哪里去了，燃鹅已经下放到三房去了...

理论文章的问题在于，虽然很多理论文章的引用数特别高，但是绝大多数引用都是在发表2年以后产生的，导致没法用来拉高影响因子。比如Becke的B3PW91的文章，因为搭了B3LYP的便车，引用数好几万，但是其中只有发表2年内的引用可以拉高JCP的影响因子，而过了这2年引用数再多也对JCP的影响因子没有贡献了

作者
Author: 晓来雨过 时间: 2022-1-2 17:41
问了HZW的人，以前的免费版不能用了，至少文章里需要购买新的版权了。
然后添加了图形化的界面，输入输出都有，估计一堆不差钱的实验组老师买吧，可以继续灌文章了。

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-2 18:17

晓来雨过发表于 2022-1-2 17:41
问了HZW的人，以前的免费版不能用了，至少文章里需要购买新的版权了。
然后添加了图形化的界面，输入输出 ...

不会吧，以前的学术版已经获得授权了。从法律意义上讲，hzw没有这个权利吧

作者
Author: 晓来雨过 时间: 2022-1-2 18:27

chrinide 发表于 2022-1-2 18:17
不会吧，以前的学术版已经获得授权了。从法律意义上讲，hzw没有这个权利吧

我的理解和您一样，以前的学术版应该可用才对
不知道hzw想做甚

作者
Author: granvia 时间: 2022-1-2 18:27

wzkchem5 发表于 2022-1-2 17:37
理论文章的问题在于，虽然很多理论文章的引用数特别高，但是绝大多数引用都是在发表2年以后产生的，导致 ...

能否考虑定义一个long-term影响因子（比如五年）？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-1-2 18:34

chrinide 发表于 2022-1-2 18:17
不会吧，以前的学术版已经获得授权了。从法律意义上讲，hzw没有这个权利吧

感觉如果不提供学术免费版的话，那就几乎不会有人用了（比原来用户更少）

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-2 18:35

晓来雨过发表于 2022-1-2 18:27
我的理解和您一样，以前的学术版应该可用才对
不知道hzw想做甚

如果真这么做，对中国量化界的学术声誉造成很大的打击。除非某些大佬完全不要......当然对于我们这些学术屁民来说，能用开源就用开源。真要是都墙了不让用了，那就只能改行卖烧饼了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-2 18:51

晓来雨过发表于 2022-1-2 10:41
问了HZW的人，以前的免费版不能用了，至少文章里需要购买新的版权了。
然后添加了图形化的界面，输入输出 ...

图形界面肯定是需要购买的，但是以前的BDF我这里看到的说法是未必不能继续免费用，因为这次商业化的是BDF所有功能的一个子集，像多参考态方法之类的没有纳入进来，所以如果只用多参考态方法，应该不属于鸿之微能cover到的范畴。不过TDDFT-SOC是完全包含在商业版里的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-2 18:53

granvia 发表于 2022-1-2 11:27
能否考虑定义一个long-term影响因子（比如五年）？

确实有这样做的，但是大家一般不太认

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-2 19:15

小范范1989 发表于 2022-1-2 08:29
。大兄弟好。
看这样子hzw要收购好多软件特别是国内的。
有点担心，multiwfn不会有一天被hzw收购 ...

Multiwfn在可预见的未来不可能变成收费，这是我一直以来承诺的。即便对于商业用户我也没有收费的打算，只要发表的工作里恰当引用Multiwfn原文和该引用的相关文章即可。
至于以后我若是开发其它什么程序，若真的通过代理销售，我肯定会选择有道德底限、对科研工作者有同理心的公司。

我对BDF商业化这事不方便公开评论。原本免费的程序商业化本身没问题，也有人认为程序商业化是程序变得成熟的一种体现。只是，我希望商业化的同时能充分考虑到广大科研群体的利益。一个原本免费的程序商业化最糟糕的情况是，商业化后销售情况不理想（价格太贵，或刚性需求低，或有其它免费的程序能够代替，等等），并且导致能用程序的人还越来越少，使得文章引用次数和流行程度都大打折扣。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2022-1-2 23:01

作者
Author: wangxubo 时间: 2022-1-3 08:48

granvia 发表于 2022-1-2 13:21
JCTC国内是相当认可的

前一阵看分区表偶然发现jctc直接被抬上一区了，这属实是有操作的呀

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-3 10:24
本帖最后由 chrinide 于 2022-1-3 10:32 编辑

wangxubo 发表于 2022-1-3 08:48
前一阵看分区表偶然发现jctc直接被抬上一区了，这属实是有操作的呀

是啊这操作要是没有屁眼交易，谁信， AIP的JCP直接下放到三区，ZKY的一帮子垃圾。CCL居然放二区，里面有的的文章简直不忍直视，怎么刷的IF？从未见过如此厚颜无耻的机构.

作者
Author: beefly 时间: 2022-1-3 11:18

chrinide 发表于 2022-1-3 10:24
是啊这操作要是没有屁眼交易，谁信， AIP的JCP直接下放到三区，ZKY的一帮子垃圾。CCL居然放二区，里 ...

听做材料的人说，他们被拒的文章没处去了会考虑JCP，所以JCP这些年狂收材料的文章，但是水准要比专业材料期刊上的论文差了一大截，再定为二区确实说不过去。但是一些传统的研究领域，例如小分子精密光谱，即便是编辑相对友好的10年前，发一篇JCP的难度也不比JACS、PRL低，而且JCP已经是这领域的最高级别刊物了，理应被看作是一区。这也说明分区没啥意义

作者
Author: beefly 时间: 2022-1-3 11:27

万里云发表于 2022-1-2 12:57
希望hzw不要成为学术圈的司马杰克丁，挥着版权大棒毁坏整个生态。

国产的量子化学/密度泛函/分子动力学 ...

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-3 11:38
本帖最后由 chrinide 于 2022-1-3 11:43 编辑

beefly 发表于 2022-1-3 11:18
听做材料的人说，他们被拒的文章没处去了会考虑JCP，所以JCP这些年狂收材料的文章，但是水准要比专业材料 ...

我觉得他们应该说的是AIP的APL，而不是JCP，JCP的材料文章比较少，每一期里面“材料表面界面”合起来有个3-5篇左右。APL有很长一段时间都是搞材料的在里面灌水. 分区这件事简直NT。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2022-1-3 12:41

ABetaCarw 发表于 2022-1-2 23:01
**** 本内容被作者隐藏 ****

如果按照高斯的代码量和价格来对面，人家公司吃啥？
一想起纳税人的钱就是这样流入一些公司的，心里总觉得有点不是滋味，可能我还缺少在这个圈子内混的觉悟，所以现在在和一群提倡开源的伙伴们一起搞，不说文章怎么样，但是工作是非常开心的。

作者
Author: granvia 时间: 2022-1-3 12:52

chrinide 发表于 2022-1-3 10:24
是啊这操作要是没有屁眼交易，谁信， AIP的JCP直接下放到三区，ZKY的一帮子垃圾。CCL居然放二区，里 ...

说到引用，仿佛论文被赋予了人性，里面充满了人情关系和利益。高被引论文有可能不仅仅是因为其价值高，影响力大，更因为其是“人缘”好，“关系”硬，甚至有“利益”回报

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-1-3 13:10
CCL影响因子6.8分超过Organic letters, Organic chemistry frontiers, Chemistry-A European Journal, Journal of organic chemistry这些了。。。。。。我惊呆了

作者
Author: scf 时间: 2022-1-3 16:06

wzkchem5 发表于 2022-1-2 02:29
大部分底层代码用Fortran，少部分用C，顶层调度用Python

像tblis
https://github.com/devinamatthews/tblis/wiki
这种项目，可能用Fortran实现吗？没用过Fortran的指针，不知道什么情况

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-3 17:20

scf 发表于 2022-1-3 09:06
像tblis
https://github.com/devinamatthews/tblis/wiki
这种项目，可能用Fortran实现吗？没用过Fortra ...

肯定可以，不过也许代码会不太好看，或者效率低一些。BDF里就有一个自己写的tensor库，不过用到这一块的代码比较少

作者
Author: 万里云 时间: 2022-1-3 17:48

beefly 发表于 2022-1-3 11:27
**** 本内容被作者隐藏 ****

所以说好话说尽，坏事做绝。

作者
Author: naoki 时间: 2022-1-3 19:03
BDF 百闻不如一见

作者
Author: wangxubo 时间: 2022-1-4 06:08

chrinide 发表于 2022-1-3 10:24
是啊这操作要是没有屁眼交易，谁信， AIP的JCP直接下放到三区，ZKY的一帮子垃圾。CCL居然放二区，里 ...

jcp上到二区了吧，不管怎么说，jcp和jctc的分区提高对国内做理论的人也算是件好事了

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-1-4 08:26
本帖最后由冰释之川于 2022-1-4 08:29 编辑

作者
Author: Marc0 时间: 2022-1-4 09:03

beefly 发表于 2022-1-3 11:18
听做材料的人说，他们被拒的文章没处去了会考虑JCP，所以JCP这些年狂收材料的文章，但是水准要比专业材料 ...

每一年出来的分区名单都有不胜枚举的槽点，但每年还都搞得不亦乐乎，哎。。

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-4 13:45

wangxubo 发表于 2022-1-4 06:08
jcp上到二区了吧，不管怎么说，jcp和jctc的分区提高对国内做理论的人也算是件好事了

JCP下放到三区了

作者
Author: snljty 时间: 2022-1-4 13:52

让你变成回忆发表于 2022-1-1 22:21
**** 本内容被作者隐藏 ****
话说150分的权限大概是个什么级别？论坛里能看到的人占比大概多少。

注册两个月天天签到就差不多了吧

作者
Author: abin 时间: 2022-1-4 14:36
本帖最后由 abin 于 2022-1-4 14:47 编辑

5G商用，
919大飞机商用，都是好消息……

一个标称为国产量化软件的BDF
也商用了，期望是好消息。

从当前的境遇来看，
做量子化学计算软件，不仅要会代码，
理论基础也要十分到位，
高等数学，微分方程，线性代数，
群论，高等量子物理，高等量子力学化学都得懂，
还有各种理论方法的数学实现形式……

这一堆下来，才有可能有所作为。
那么，写这种程序，待遇好么？
不见得。
大胆猜测一下，肯定没有咸鱼的前端程序员薪资高。

你再回头看看咸鱼、拼多多那破页面，
一点美感都没有，但是还能赚大钱！

再对比一下量子化学程序员，
那可怜的薪资，
在各种年度考核面前那可怜的境遇，
还哪里来的心思写程序。

如果一个程序作品，
不能直接或间接带来收益，
只能是死路一条。

开发者不是神仙，也得吃饭呀。
也得吃饭，这都是最低的要求了。

软件的价格要想降低，
需要受众很广，
比如office系列, Windows系统授权等, 以及各种移动平台的付费软件, 因为受众广，才会价格低。类似于薄利多销...

小众并且面向特殊专业领域的软件, 基本不会太便宜的.
尤其当一个软件, 只有某些研究领域的硕士和博士才会用来解决某些问题的时候, 这种软件不会太便宜的.

以上纯属个人言论.

作者
Author: 万里云 时间: 2022-1-4 16:36
本帖最后由万里云于 2022-1-4 22:10 编辑

abin 发表于 2022-1-4 14:36
5G商用，
919大飞机商用，都是好消息……

良性商业化有几个前提，就是市场份额大、软件替代性弱、用户粘性高。

份额不够大的话，为保证利润，授权费用就会很高。如果软件相对于竞品没有绝对的优势，用户就会流失。恶性循环下去，软件还没发展起来就中道崩殂了。

第一性原理程序中vasp占了很大的市场份额，但仍然算不上有绝对的优势。一些功能如GW/BSE论效率比不过专业的程序，论精度又比不过全电子程序。算声子、NEB都得结合第三方插件。现在代理价格涨到了七万多，已经令很多人已经望而却步了。就看代理敢不敢作死继续涨了。vasp的优势主要是高质量的赝势库，七万多的授权费用足够培养一个调赝势的博士了。在开发速度和新功能方面，一个组根本没法和全世界N个组比速度。

作者
Author: abin 时间: 2022-1-4 16:48

万里云发表于 2022-1-4 16:36
良性商业化有几个前提，就是市场份额大、软件替代性弱，用户粘性高。

份额不够大的话，授权费用就得高 ...

针对中科院，
VASP的授权费，大概13.8万人民币。
高校是半价。

其实，与实验耗材相比较，
做电子结构计算的程序，以及计算费用，
都算很低廉了。

作者
Author: slxc920113 时间: 2022-1-4 17:09

万里云发表于 2022-1-4 16:36
良性商业化有几个前提，就是市场份额大、软件替代性弱，用户粘性高。

份额不够大的话，授权费用就得高 ...

相比机时费用，软件的授权费只是小头。
话说BDF还是有一些独到的功能的，虽然不能说完全不可替代，但是确实有应用价值。比如楼主写的分子分片自洽计算的方法，用来做大体系优化的波函数初猜就很有用。

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-1-4 18:46

abin 发表于 2022-1-4 16:48
针对中科院，
VASP的授权费，大概13.8万人民币。
高校是半价。

但实际上之前没有独家代理之前可以直接从维也纳那边直接购买，3万多RMB。之前代理提高到5万多接近6万，YZ独家代理后我们去年买的时候接近10万。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-4 20:00

slxc920113 发表于 2022-1-4 10:09
相比机时费用，软件的授权费只是小头。
话说BDF还是有一些独到的功能的，虽然不能说完全不可替代，但是 ...

准确来说最初的分片SCF方法（FLMO）不是我做的，我只是做了iOI方法（把分子分成比较小的片，逐步拼成比较大的片，最后再拼成总体系），相当于FLMO方法的改进版，对于大体系可以明显降低SCF迭代次数，而且收敛得到的结果是精确的，不像其他大部分分片方法得到的是近似的结果。
之前我们测过（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00445），起码对于一部分体系，普通SCF的迭代次数和体系大小成正比，而iOI的SCF迭代次数和体系大小无关。所以对于极其大的体系，比如原子数>2000的体系，可能普通SCF不收敛而iOI可以收敛。这也暴露出很多文献报道的linear-scaling SCF方法的问题，他们只证明了每一步SCF迭代的时间和体系大小成线性关系，但是没有证明SCF迭代步数总是和体系大小无关（至多只证明了对于烷烃等简单体系如此），所以其实并没有证明这些方法对于所有分子体系都是linear-scaling的

作者
Author: gauss98 时间: 2022-1-4 20:21
恭喜师兄

作者
Author: 万里云 时间: 2022-1-4 22:01

abin 发表于 2022-1-4 16:48
针对中科院，
VASP的授权费，大概13.8万人民币。
高校是半价。

但是做理论的人无论是启动经费还是申到的基金，数额都比实验的少。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-5 02:21
本帖最后由卡开发发于 2022-1-5 02:24 编辑

万里云发表于 2022-1-4 16:36
良性商业化有几个前提，就是市场份额大、软件替代性弱、用户粘性高。

份额不够大的话，为保证利润，授 ...

要达到这三个点，程序必须鲁棒性强劲、效率较高、代码规范可维护、用户体验好。如果是多个组协作其实也有相应的问题，规范和协调是个比较麻烦的事情，时不时可能在这些程序会遇到某个框架下的某种功能未被支持，一味追寻大而全造成的体验其实是比较差的，这些体验方面的问题反而不是一般课题组愿意去追求的。在此之前要进行良性商业化确实不大容易，VASP确实也没达到老兄提到的这三个点，在我看来主要还是宣传方面做得好，真叫一些用户过来说清楚VASP到底有多大优势，没有几个能彻底讲明白的。就不说当下众多优秀的开源程序，Gaussian（仅限于分子）这几个方面总体来说还是不错的，但用于固体计算的程序很难找到个体验上差不多的。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-5 02:24

卡开发发发表于 2022-1-5 02:21
要达到这三个点，程序必须鲁棒性强劲、效率较高、代码规范可维护、用户体验好。如果是多个组协作其实也有 ...

目前整个计算领域其实也就瓜丝做到了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-5 02:25

喵星大佬发表于 2022-1-5 02:24
目前整个计算领域其实也就瓜丝做到了

哈哈哈，是啊，我刚改了帖子cue了Gaussian，确实如此，而且还是得放在之前，当下情况其实也难讲。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 02:39

喵星大佬发表于 2022-1-5 02:24
目前整个计算领域其实也就瓜丝做到了

瓜丝的代码风格真是... 可维护这点实在排不上

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-5 02:43
本帖最后由卡开发发于 2022-1-5 02:46 编辑

sobereva 发表于 2022-1-5 02:39
瓜丝的代码风格真是... 可维护这点实在排不上

放在三十年前也许还成，毕竟没得选，当下来说代码可维护性不提也罢。另外GV性能和功能还是拉胯一些。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-5 04:02

sobereva 发表于 2022-1-4 19:39
瓜丝的代码风格真是... 可维护这点实在排不上

**** 本内容被作者隐藏 ****

哈哈这个锅可能有一部分应该fortran77来背。。。

作者
Author: scf 时间: 2022-1-5 04:23
本帖最后由 scf 于 2022-1-5 04:34 编辑

我觉得代码维护更重要的是做好文档，doxygen可以自动生成一些文档，能够帮助理解模块调用的关系，但还是不足以让人明白变量/模块的功能。一些研究认为读代码和读人类语言其实用的是大脑的不同部分
https://news.mit.edu/2020/brain-reading-computer-code-1215
个人不觉得良好的代码可以取消注释的必要，哪怕过期的注释带来了额外的维护成本(虽然注释也可以放在一些自建的wiki上）
http://www.yinwang.org/blog-cn/2015/11/21/programming-philosophy

// put elephant1 into fridge2
put(elephant1, fridge2);

像这个例子，如果没有注释，也能有不同的理解，按python的风格，可能得到了 [elephant1, fridge2]这样一个list,也可能得到fridge2 = [elephant1]

虽然写代码的时候经常懒得写注释

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-5 04:30

sobereva 发表于 2022-1-5 02:39
瓜丝的代码风格真是... 可维护这点实在排不上

**** 本内容被作者隐藏 ****

代码写成啥样是一方面，至少要有专门的文档讲清楚这些乱七八糟的是什么东西，不然真的是会疯的

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-1-7 17:28

卡开发发发表于 2022-1-5 02:21
要达到这三个点，程序必须鲁棒性强劲、效率较高、代码规范可维护、用户体验好。如果是多个组协作其实也有 ...

一直好奇瓜丝强大的SCF收敛是如何做到的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-7 17:58

jiangning198511 发表于 2022-1-7 10:28
一直好奇瓜丝强大的SCF收敛是如何做到的

其实也未必见得有多强大，可能只是因为抓住了用户的心理。
高斯SCF不收敛的情况也很多，但是用户一般都知道用scf=qc解决，scf=qc几乎不会不收敛，但是其实非常耗时。高斯的秘诀就是让用户不觉得scf=qc耗时。其实如果不限迭代次数或者计算时间，让SCF收敛并不难，无非就是关掉DIIS然后加一个比较大的level shift而已，但是你如果去看这样的SCF迭代的能量走势，就会明显发现每一步能量变化都很小，而且变化幅度不怎么减小，比如第100步迭代的能量变化是-1.12D-5，第101步是-1.11D-5，第102步是-1.10D-5，这样用户一眼就觉得程序效率不行，肯定浪费了很多迭代步数。但是scf=qc则不然，scf=qc是宏迭代嵌套微迭代，宏迭代收敛不慢，微迭代收敛也不慢，总迭代步数多只是因为是迭代套着迭代，迭代次数相当于平方了一下。但是用户就会觉得每一步迭代都有进展，其实总迭代步数可能和加一个特别大的level shift结果一样，但是scf=qc更不容易让用户不耐烦。

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Author: 卡开发发 时间: 2022-1-7 21:01

jiangning198511 发表于 2022-1-7 17:28
一直好奇瓜丝强大的SCF收敛是如何做到的

常规方式是DIIS和EDIIS的组合使用；构型优化也是组合式的算法，因为了解有限我也不详细阐述了。关于SCF迭代的资料卢老师论坛和帖子里也分享过，Pulay和Scuseria都做了不少相关的工作，不应当被轻易忽视。

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Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:38

wzkchem5 发表于 2022-1-7 17:58
其实也未必见得有多强大，可能只是因为抓住了用户的心理。
高斯SCF不收敛的情况也很多，但是用户一般都 ...

SCF=QC死活不收敛的情况我也见过不少。根据我的经验，我博文里其它方法全试过无效的话，大多数情况SCF=QC最后也会失败，而且SCF=QC每一轮耗时又颇高，花了大量时间最后SCF=QC还失败是令人挺沮丧的，再加上收敛到不稳定波函数的风险，所以几乎我都不考虑SCF=QC。
总的来说Gaussian的SCF比大多数程序还是强不少，比如最近用PSI4做wB97XD/aug-cc-pVDZ算[C60]+单点，用尽各种办法也没法收敛，Gaussian一次就OK了，虽然花了60圈。

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Author: wzkchem5 时间: 2022-1-8 03:32

sobereva 发表于 2022-1-7 15:38
SCF=QC死活不收敛的情况我也见过不少。根据我的经验，我博文里其它方法全试过无效的话，大多数情况SCF=QC ...

BDF现在也有一种SCF收敛方法，叫做SMH，原理很新颖，文章还没有发。对于普通有机体系相比普通DIIS加速10%左右，对于过渡金属体系可以减少1/3到一半的迭代次数，而且初步看来可以降低收敛到不稳定波函数的概率，到目前为止还没碰到过一例收敛到不稳定波函数的情况，不过还需要进一步的测试。SMH现在对于C1群的分子是默认开启的，接下来一段时间更新的版本里会让SMH对于几乎所有计算都是默认开启的，到时候如果有人感兴趣可以测一下SMH的收敛效果。
另外，BDF的FLMO和iOI方法可以用来把波函数收敛到用户指定的组态，相比高斯之类软件的片段组合波函数方法，FLMO和iOI的特点在于各个片段之间可以彼此重叠，而且可以由程序自动定义片段，用户只需要指定哪个原子希望有几个自旋、朝上还是朝下就行了，甚至还可以指定哪个原子希望有几个形式电荷，程序可以自动根据用户指定的结果来对分子进行分片，并且给每个片指定合适的电荷和自旋多重度。

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Author: jiangning198511 时间: 2022-1-8 09:42

wzkchem5 发表于 2022-1-8 03:32
BDF现在也有一种SCF收敛方法，叫做SMH，原理很新颖，文章还没有发。对于普通有机体系相比普通DIIS加速10% ...

BDF这些新方法看着很有吸引力，是否可以考虑社区版和商业版共同发展，这样有利于推广

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Author: wzkchem5 时间: 2022-1-8 16:38

jiangning198511 发表于 2022-1-8 02:42
BDF这些新方法看着很有吸引力，是否可以考虑社区版和商业版共同发展，这样有利于推广

这个主要看刘老师以及鸿之微的想法了，目前考虑是除商业版以外还有一个学术版，学术版的功能比商业版多，但是不包括图形界面。如果只用那些学术版支持而商业版不支持的功能（比如多参考态方法），应该可以申请使用学术版，但是至于学术版和商业版都支持的功能，还是要取决于进一步的讨论结果

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Author: 量化小菜鸡 时间: 2022-1-8 19:30

sobereva 发表于 2022-1-7 22:38
SCF=QC死活不收敛的情况我也见过不少。根据我的经验，我博文里其它方法全试过无效的话，大多数情况SCF=QC ...

用PSI4做比较特殊态比如open-shell singlet的EDA经常不收敛，所以我后来改去用GKS-EDA然后读取高斯转出来的初猜去做。

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Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-1-10 12:26

量化小菜鸡发表于 2022-1-8 19:30
用PSI4做比较特殊态比如open-shell singlet的EDA经常不收敛，所以我后来改去用GKS-EDA然后读取高斯转出来 ...

有一个不是直接相关的问题想向您咨询一下。我算过几个涉及到open-shell singlet中间体的反应，但我之前没有做过EDA。您对open-shell singlet做EDA时，具体是怎么处理的？参考态的两个片段都是视为闭壳层还是两个片段都是开壳层？

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Author: zjxitcc 时间: 2022-1-10 13:43

Daniel_Arndt 发表于 2022-1-10 12:26
有一个不是直接相关的问题想向您咨询一下。我算过几个涉及到open-shell singlet中间体的反应，但我之前没 ...

对于确定是open-shell singlet的体系，需要将两个片段均设置为二重态、但自旋相反。GKS-EDA是支持这么设定的。

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Author: 量化小菜鸡 时间: 2022-1-10 13:56

zjxitcc 发表于 2022-1-10 13:43
对于确定是open-shell singlet的体系，需要将两个片段均设置为二重态、但自旋相反。GKS-EDA是支持这么设 ...

新版本可以直接写EDATYP=BSEDA, 初猜可以写上VEH0（不用的话有时候不收敛），对于这种BS态直接做Yamaguchi的spin projection.

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Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-1-12 13:35

zjxitcc 发表于 2022-1-10 13:43
对于确定是open-shell singlet的体系，需要将两个片段均设置为二重态、但自旋相反。GKS-EDA是支持这么设 ...

可能打扰了，这确实是一个跟我自己的研究有关的问题，所以问题有点多。乙烯分子与1,3-丁二烯生成open-shell singlet中间体的反应路径明显不如协同的反应路径有利，这个大家都知道。相应的计算，在 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jo000916o 里面也有。如果我想研究乙烯分子与1,3-丁二烯生成open-shell singlet的过渡态（也就是刚刚提到的文献中Figure 3里面的TS11a、TS11b），那我该如何设置？如果从成键处来个“异裂”的话，也就是把一个片段看成radical cation，另一个片段看成radical anion，是可以将两个片段均设置为二重态、但自旋相反，但这样的划分带来的问题就是接下来的讨论肯定容易误导人；但要是把两个片段都设置为闭壳层的话，又与本科有机化学中讲机理时的“arrow pushing”冲突，因为形成的这根键，跟双分子亲核取代反应（可以看成由一方的孤对电子贡献）不同，是由双方贡献的。我提这个例子是因为我的研究中有类似的问题。

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Author: sobereva 时间: 2022-1-12 14:02

Daniel_Arndt 发表于 2022-1-12 13:35
可能打扰了，这确实是一个跟我自己的研究有关的问题，所以问题有点多。乙烯分子与1,3-丁二烯生成open-she ...

跟当前帖子主题明显无关的问题请不要跟帖问，应当发新主贴讨论，否则影响讨论秩序

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Author: lgn 时间: 2022-1-17 17:30
本帖最后由 lgn 于 2022-1-17 17:37 编辑

应该叫Beida density functional

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Author: paramecium86 时间: 2022-1-18 02:36

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Author: ABetaCarw 时间: 2022-1-18 10:50

paramecium86 发表于 2022-1-18 02:36
**** 本内容被作者隐藏 ****

作者
Author: chrinide 时间: 2022-1-18 11:22

ABetaCarw 发表于 2022-1-18 10:50
**** 本内容被作者隐藏 ****

学术价格

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Author: niobium 时间: 2022-1-22 20:50

paramecium86 发表于 2022-1-18 02:36
**** 本内容被作者隐藏 ****

作者
Author: knight1014 时间: 2022-2-5 23:28

ABetaCarw 发表于 2022-1-1 23:21
**** 本内容被作者隐藏 ****

听说1.8个W？

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Author: ABetaCarw 时间: 2022-2-7 02:46

knight1014 发表于 2022-2-5 23:28
听说1.8个W？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-20 14:48

jiangning198511 发表于 2022-1-8 09:42
BDF这些新方法看着很有吸引力，是否可以考虑社区版和商业版共同发展，这样有利于推广

最近公司和刘文剑老师讨论出了一些方案，未来会发布一个免费的学生版本，使用学生版本的话，不提供图形界面（但是有一部分建模和可视化的代码会提供给索兵兵老师那边作为教学软件使用，可能有机会获取一个简单的图形界面），客服也不负责答疑，用户可以自己看BDF的手册学习。
另外下一个发布的大版本会在优化器上做很大的改进（这儿要点赞南大的博士愿意在这方面辛苦钻研），希望能够追赶高斯；模块化方面应该也会有不少改善，方便未来做方法开发的老师直接调用。

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