计算化学公社

标题: 大家都是怎么学习Amber的？ [打印本页]

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-2 17:06
标题: 大家都是怎么学习Amber的？
想咨询一下大家都是怎么学习Amber的，有没有比较好的资料和培训班可以推荐呀？最近跟着官方的教程自学，发现内容不太连贯，对应的不是最新版本，对小白也不太友好。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-2 19:45
参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班是最好的上手动力学的渠道
培训介绍：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
历届培训回顾和学员评论：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... r=typeid&typeid=248

gromacs和amber在模拟思想和方法、力场、建模、分析等方面很大程度上都是互通的，适用的体系也基本一致。在上述培训里把动力学的基础知识和gromacs以及vmd等程序的使用非常系统地学明白了，看着官方教程上手amber基本不会有什么压力。另外，如果之前对于动力学从没接触过的话，建议从gromacs而非amber开始上手。gromacs非常灵活，可扩展性强，该有的功能都有，使用复杂度低，速度快，用户数目也远远多于amber（见http://sobereva.com/599里的投票统计）因此有问题也更容易得到解答。

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2022-1-3 15:54
Amber的高级功能多一点，GPU的利用率高

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-3 16:38
Amber的官方教程那么多都不看的么

作者
Author: rpestana94 时间: 2022-1-4 05:04
Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep trying and posting question here or in the amber forum. Also check the amber manual, a lot of problem I used to have found the solution in the manual.

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-4 10:31

sobereva 发表于 2022-1-2 19:45
参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班是最好的上手动力学的渠道
培训介绍：http://www.keinsci.com/work ...

好的，谢谢老师

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-4 10:35

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

gromacs没有接触过，刚开始学分子动力学，直接学的Amber，目前刚开始，确实能感觉的各种问题很难找到答案，我准备先买一下科音往届的“分子动力学与GROMACS”资料学习一下，希望可以尽快入门吧。

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-4 10:37

喵星大佬发表于 2022-1-3 16:38
Amber的官方教程那么多都不看的么

除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-4 10:42

Zijian 发表于 2022-1-4 10:37
除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

还不够嘛？大部分功能都写了，但如果一点都不懂原理哪个软件都学不会的

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-4 12:34

rpestana94 发表于 2022-1-4 05:04
Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep ...

Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I didn't figure out those problems until I compared the old and new Amber tutorials. It's not friendly to fledglings.
I will keep trying and posting question here, and could you tell me what is "the amber forum" you mentioned?

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-4 12:35

八月的雨季发表于 2022-1-3 15:54
Amber的高级功能多一点，GPU的利用率高

拿小本本先记下来

作者
Author: rpestana94 时间: 2022-1-5 01:32

Zijian 发表于 2022-1-3 23:34
Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I d ...

As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact page in amber, there is a mail where you can ask questions https://ambermd.org/Contact.php

作者
Author: Zijian 时间: 2022-1-5 13:25

rpestana94 发表于 2022-1-5 01:32
As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact pag ...

Ok, thank you.

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-4-11 00:18

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 02:36

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

不会linux基本操作你都不知道官网教程中的一些shell中的命令是在干什么、文件在哪、怎么运行Amber，教程的例子重复出来都够呛，更别提搞自己的研究

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-4-12 08:02

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

会几个常见命令就行，以后用的时候再查

作者
Author: c00jsw00 时间: 2022-4-12 09:20
建議從理論上了解一下MD的原理..其實軟體都一樣

作者
Author: Rick000000 时间: 2025-10-24 00:23

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

还是要学习一下linux的基础操作和指令，然后再上手amber

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