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标题: 计算结果提示原子数量超出范围 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 16:42
标题: 计算结果提示原子数量超出范围
计算Ir配合物的基态优化，采用6-31G(d）基组，结果log文件显示错误如下（图1）：
Standard basis: 6-31G(d) (6D, 7F)
Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in /home/customer/g09/l301.exe at Mon Feb 22

我的计算分子如下图（2）所示：是Ir配合物。IrG-1.gjf是我的gjf初始文件。IrG-1.log是计算的log文件。

根据计算提示的错误我的理解是我的6-31g（d）是不是已经无法满足Ir配合物的计算。希望大师指点一下！谢谢

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-2-22 16:54
我不太懂哈，你的这个Ir也用6-31g*机组？是不是应该分机组优化？

作者
Author: brothers 时间: 2016-2-22 17:12
不是原子“数量”，是原子序号。6-31g*对Ir没有定义。换个基组，或者使用混合基组。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 17:47

小范范1989 发表于 2016-2-22 16:54
我不太懂哈，你的这个Ir也用6-31g*机组？是不是应该分机组优化？

文献03年的，对于苯基嘧啶采用的是6-31g（d），对于Ir采用的是LANL2DZ优化。请问，这是分开优化么，那机组那边怎么去选择？谢谢

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 17:49

yezhonghua 发表于 2016-2-22 17:47
文献03年的，对于苯基嘧啶采用的是6-31g（d），对于Ir采用的是LANL2DZ优化。请问，这是分开优化么，那机 ...

图1是文献采用的计算方法，不太懂那个苯基吡啶采用6-31G(D），那个Ir采用LANL2DZ优化。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-2-22 17:49

yezhonghua 发表于 2016-2-22 17:47
文献03年的，对于苯基嘧啶采用的是6-31g（d），对于Ir采用的是LANL2DZ优化。请问，这是分开优化么，那机 ...

http://sobereva.com/60

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 17:50

brothers 发表于 2016-2-22 17:12
不是原子“数量”，是原子序号。6-31g*对Ir没有定义。换个基组，或者使用混合基组。

如何使用混合机组？文献上对于苯基嘧啶采用的是6-31g（d），对于Ir采用的是LANL2DZ优化。
谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 17:54

小范范1989 发表于 2016-2-22 17:49
http://sobereva.com/60

太感谢了，我猜文献也是这个意思。谢谢！我试试看能不能行！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 18:08

小范范1989 发表于 2016-2-22 17:49
http://sobereva.com/60

请问我这样使用混合机组对不对，定义完后，最后的Ir定义完后，分隔符****和下面的数字之间需要空一行么(图1），还是不要空一行（如图2）！
谢谢指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-22 18:16

yezhonghua 发表于 2016-2-22 18:08
请问我这样使用混合机组对不对，定义完后，最后的Ir定义完后，分隔符****和下面的数字之间需要空一行么( ...

后面那一坨gview自动产生的没用的连接关系都删掉
是“基组”不是“机组”

你只对Ir定义了赝势基组，没定义赝势，结果显然不对。
应当写genecp，末尾空一行写
C H N
6-31G*
****
Ir
lanl2DZ
****

Ir
lanl2DZ

你再仔细看sobereva.com/60里的说明和例子。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 19:49
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-2-22 19:54 编辑

sobereva 发表于 2016-2-22 18:16
后面那一坨gview自动产生的没用的连接关系都删掉
是“基组”不是“机组”

sobereva老师，谢谢您的指导！
按照您的指导和帖子的内容：
我的理解如下图1和图2，您看是否正确。定义完了Ir以后，还需要空一行在写上Ir的基组么？

图1是我要计算的命令行，主要是S0几何基态优化！IrG-1.gjf是我的计算文件，是否有误？

谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-22 19:54

yezhonghua 发表于 2016-2-22 19:49
sobereva老师，谢谢您的指导！
按照您的指导和帖子的内容：
我的理解如下图1和图2，您看是否正确。定义 ...

对Ir你既得定义赝势基组也得定义赝势，是两回事
空行前定义的是各个元素的赝势基组，空行后，也就是你红字标的，必须写，这里定义的是Ir的赝势
而且gen必须改成genecp，否则Ir光有赝势基组而不设定赝势，优化结果明显不合理，周围原子往往会向Ir中心严重坍塌。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-2-22 19:56

sobereva 发表于 2016-2-22 19:54
对Ir你既得定义赝势基组也得定义赝势，是两回事
空行前定义的是各个元素的赝势基组，空行后，也就是你红 ...

谢谢老师指点！我去尝试一下！

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-2-22 20:39

brothers 发表于 2016-2-22 17:12
不是原子“数量”，是原子序号。6-31g*对Ir没有定义。换个基组，或者使用混合基组。

bingo

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