计算化学公社

标题: 求助Gromacs 计算粘度cos-acceleration报错 [打印本页]

作者
Author: oopsxxxz 时间: 2022-1-3 00:37
标题: 求助Gromacs 计算粘度cos-acceleration报错
请教各位老师，请教各位老师，当我在mdp文件里加入cos-acceleration命令时会出现如下错误，请问是什么原因导致这种错误产生呢？

是否与我在mdp文件中设置牵引力有关？

给了加速度的设定也会报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-3 00:54
我不知道你说的牵引力怎么设的。算粘度用cos-acceleration的时候别涉及乱七八糟额外的设置
“给了加速度的设定也会报错”语义不明，说清楚怎么设的，想干嘛。如果是设常外力，此问题和当前算粘度没直接关系

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: oopsxxxz 时间: 2022-1-3 01:19

sobereva 发表于 2022-1-3 00:54
我不知道你说的牵引力怎么设的。算粘度用cos-acceleration的时候别涉及乱七八糟额外的设置
“给了加速度的 ...

老师好，我只在我的npt.mdp文件里加了cos-acceleration=0.01这个语句就会出现求助里的报错，
我的牵引是pull=constant force,牵引了体系里的水分子，报错后我尝试加acc-grps=SOL以及accelerate=0.1 0 0的命令，结果还是之前的错误，请问老师这个错误是什么原因产生的呢？麻烦老师了！万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-3 01:43

oopsxxxz 发表于 2022-1-3 01:19
老师好，我只在我的npt.mdp文件里加了cos-acceleration=0.01这个语句就会出现求助里的报错，
我的牵引是 ...

你先把其它可能造成影响和冲突的因素全都去掉，别把问题复杂化，否则什么导致的难以确定。要加就只加cos-acceleration，能跑成功再说加别的

作者
Author: oopsxxxz 时间: 2022-1-3 16:27

sobereva 发表于 2022-1-3 01:43
你先把其它可能造成影响和冲突的因素全都去掉，别把问题复杂化，否则什么导致的难以确定。要加就只加cos- ...

老师好，谢谢老师的回答，确定是pull=constant force的问题了，把这个去掉命令就可以运行了。

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