计算化学公社

标题: 使用ATB现有的分子生成的拓扑文件到gromacs中计算得到的密度与实际不符的问题 [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-1-4 14:20
标题: 使用ATB现有的分子生成的拓扑文件到gromacs中计算得到的密度与实际不符的问题
各位老师好，我是刚接触gromacs的新人，想请教一下采用ATB的top文件到Gromacs中计算的问题。我用ATB提供的制冷剂R22分子的top文件到gromacs中计算，结果平衡后得出的密度与实际相差20%左右。
我采用的方法是在ATB网站获取R22的pdb和itp文件以及gromos54a7的力场，然后用它给的pdb文件在packmol中建立合适的盒子得到盒子的pdb，再在gromacs中editconf命令将盒子的pdb转成gro文件，再用自己写的top和mdp文件进行最小化，nvt，npt平衡，结果得出的密度与实际相差较远，但通过改变压力和密度，其密度变化趋势是符合实际的。
后来我又用水做了一次密度分析，采用gromacs自带的tip4p水计算时，用solvate建盒子填充水，得到密度与实际相符，但在使用ATB提供的水分子的拓扑文件用packmol建盒子、同样的mdp文件，进行同样的计算时，其密度就出现了较大的偏差。
然后我还发现，在同等的压力下，ATB的水分子在npt后出来的盒子比Gromacs自带的水在npt后出来的盒子要大，最开始二者的盒子大小和分子数量都是一样的。采用ATB提供的all atom和unit atom时均存在这些问题。
我还看了老师在另一个帖子使用ATB力场的教程，整个过程的区别在于我建立盒子时使用packmol建立的，但老师是使用gromacs自带的genbox的命令建立的，但我现在使用gromacs已经没有genbox这个命令了，只有solvate，而且它的溶剂好像只能使用gromacs自带的库里的水，不能使用自己的pdb分子。

想问问各位老师我的问题出在了哪里？是建盒子的问题吗？还是使用ATB的力场方式不对吗？还是我温度，压力控制的不对？
想请教各位老师这些问题，非常感谢。
（附件是计算ATB提供水的all atom时采用的top文件和mdp文件）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 02:35
盒子怎么建无所谓，本来都是要做NPT的，跑完了都一样
加水通常用gmx solvate，加其它的用packmol或者gmx insert-molecules

用ATB上的水的拓扑文件属于缺乏基本常识的行为。专门的水模型一大把，我在本论坛已经回复过无数次相关问题了，论坛首页全文搜索框搜。起码OPC、OPC3、SPC/E、SPC、TIP3P这些重要的水模型都得认得是什么。

如果基于ATB搞的小分子的拓扑文件跑的密度烂，改成acpype结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷得到基于GAFF力场的拓扑文件，看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

普通小分子我都一律建议优先考虑以上做法产生拓扑文件，若结果不好再考虑别的，诸如ligpargen、ATB、CGenFF。

作者
Author: yee 时间: 2022-1-5 09:41

sobereva 发表于 2022-1-5 02:35
盒子怎么建无所谓，本来都是要做NPT的，跑完了都一样
加水通常用gmx solvate，加其它的用packmol或者gmx i ...

就是说问题出在ATB拓扑文件上，水只是我用来试试我的方法问题出在哪里，我想做的是制冷剂、氯氟烃、氟烃之类的计算，像C2H2F4这些，那我用老师您给的方法生成拓扑文件试试，谢谢老师。

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