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标题: lammps中如何避免界面在动态弛豫后NVE系综下“lost atoms” [打印本页]

作者
Author: caiziqi 时间: 2022-1-4 23:54
标题: lammps中如何避免界面在动态弛豫后NVE系综下“lost atoms”
各位大佬,我建立了一个SiC和石墨的界面模型,想要利用NEMD方法来计算其热导率,发现在unfix动态弛豫后,只施加NVE系综采用ehex命令来计算热导,整个界面模型温度会一直上涨,之后就会报错丢失原子,我在动态弛豫前给模型上下留出了足够真空层,并且建模时也进行静态弛豫了,请问下丢失原子要如何解决?

如能得到各位大佬的解惑，不胜感激！

作者
Author: chema 时间: 2022-1-5 09:52
是不是周期性边界条件的问题，没设成周期性的就会发生原子丢失

作者
Author: caiziqi 时间: 2022-1-5 10:37

chema 发表于 2022-1-5 09:52
是不是周期性边界条件的问题，没设成周期性的就会发生原子丢失

我一开始就是设置成p p p,应该不是这个原因

作者
Author: chema 时间: 2022-1-5 14:18

caiziqi 发表于 2022-1-5 10:37
我一开始就是设置成p p p,应该不是这个原因

那估计就是某些原子在升温过程中速度过大，根据该速度计算出的下一步位移过大，重新更新neighbourlist前，原子移动出模拟区域超过1倍的盒子长度（或处理器子区域长度），原子就被认为是丢失了。可以试试1，reduce timestep;2,change neighbour list bin to larger ones so that they could find the 'far' atoms；3，update neighbour list more frequently,like “neighbor_modify every 2” （参考 http://bbs.keinsci.com/thread-17903-1-1.html）。

作者
Author: lizhi333 时间: 2022-4-21 10:42
你好，请问问题解决了么？最后如何解决的呢？

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-8-7 14:42

lizhi333 发表于 2022-4-21 10:42
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同问，你解决了吗

作者
Author: chen0201 时间: 2025-6-27 18:42
请问解决了吗？我的温度是蹭一下直接两千，然后显示原子少了一个

作者
Author: 文科生学MS 时间: 2025-6-30 15:53
您好，我在计算热导率的时候，NPT之后进行NVE也出现了温度逐渐升高，导致最后计算热导率的时候报错，这个问题您有解决吗？

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