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标题: 生成带Br原子的小分子力场如何解决？ [打印本页]

作者
Author: tangzi_via 时间: 2022-1-5 14:50
标题: 生成带Br原子的小分子力场如何解决？
用gromacs charmm36力场进行小分子的模拟，利用charmm-gui中的Ligand Reader & Modeler模块进行生成力场，这里示例建模了一个带Br原子的小分子，生成的力场文件不全，本应该包含charmm36.itp，LIG.itp，psf2itp_ligrm.py和topol.top四个文件。但是生成的过程中没有报错，且只有charmm36.itp和psf2itp_ligrm.py文件，并且charmm36.itp里面只有原子类型的参数，请问该如何解决这个问题？谢谢大家可以提一点宝贵的意见，本人也才接触力场这一块的知识，还有许多不懂之处，特来请教大家。（我尝试了F原子就可以生成力场，Br原子就不行。）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 23:08
用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的拓扑文件就完了，这是最佳做法

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