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标题: OpenMolcas中读取轨道问题及Cholesky和COPY关键词的使用 [打印本页]

作者
Author: Yin 时间: 2022-1-5 15:26
标题: OpenMolcas中读取轨道问题及Cholesky和COPY关键词的使用
大家好。我在用OpenMolcas计算的时候遇到3个问题想请教一下大家，已经困扰我一段时间了，所以想求助一下大家。
1.我首先用SA-CASSCF方法优化基态的结构（输入文件如下所示）；接着基于优化好的结构用MS-CASPT2方法进行激发态计算，在这一步中，应该采取上一步优化产生的轨道文件，我的疑问是，根据上一步的优化，会产生 36.RasOrb，36.RasOrb.1，36.RasOrb.2，36.RasOrb.3，36.RasOrb.4，36.RasOrb.5 这6个轨道文件，我应该在读取36.RasOrb文件，还是36.RasOrb.1呢？
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2.我在读文献的过程中发现（https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c01774，https://doi.org/10.1039/D1CP01142A），大家用了Cholesky分解技术计算双电子积分，通过查看说明书看到是在 &GATEWAY
模块用RICD关键词，在 &SEWARD模块用cholesky关键词，我发现用了这个方法后计算耗时明显增加了很多，想问问大家有没有什么方法可以增加计算速度。
3.在查看说明书的时候发现可以用>> COPY关键词来拷贝波函数信息，例如>> COPY $Project.JobIph $CurrDir/$Project.1B2.JobIph，表达的意思$Project.JobIph拷贝到当前文件夹下并命名为$Project.1B2.JobIph，这不就相当于改了名字吗？也没有读取信息，所以很疑惑这个>> COPY关键词应该如何使用？

作者
Author: lijingbai2009 时间: 2022-5-11 01:46
1. RasOrb是平均化的轨道，RasOrb.1是基态的轨道，用那个影响不大，因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文件JobIPh（记不太清了）传送到CASPT2计算。

2. 建议使用RICD，cholesky是老版本的关键词。Molcas的主要问题是并行效率不高，通常都是跑单核。。。而且如果使用服务器计算的话，建议把任务拷贝到本地机器的文件夹运行。像在SLURM的/scratch里跑，稍大点梯度的计算就有很大延迟。

3. COPY 和命令行的cp差不多。说明书里有的是特殊用法，比如保存之前计算好的不同自旋的轨道文件，然后计算旋轨耦合常数，有的只是为了保存一下轨道文件。JobIPH和RasOrb区别在于JobIPH包含CI coefficient而RasOrb只有MO coefficient。所以JobIPH理论上收敛更快，重复性更好。

作者
Author: Yin 时间: 2022-5-11 11:14
好的，非常感谢哈~

作者
Author: Yin 时间: 2022-5-11 11:15

lijingbai2009 发表于 2022-5-11 01:46
1. RasOrb是平均化的轨道，RasOrb.1是基态的轨道，用那个影响不大，因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文 ...

好的，非常感谢哈~

作者
Author: ABQTrap 时间: 2024-5-3 08:55

lijingbai2009 发表于 2022-5-11 01:46
1. RasOrb是平均化的轨道，RasOrb.1是基态的轨道，用那个影响不大，因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文 ...

老师，请问如何打开jobiph文件呢？直接双击不能打开，提示是二进制文件之类的信息。谢谢

作者
Author: beefly 时间: 2024-5-3 10:18

ABQTrap 发表于 2024-5-3 08:55
老师，请问如何打开jobiph文件呢？直接双击不能打开，提示是二进制文件之类的信息。谢谢

jobiph是二进制文件，需要用专门的工具进行相互转化（类似于gaussian的chk和fchk），工具默认不编译，需要在cmake时加上参数-DTOOLS=ON。

另外，molcas官方目前主推h5数据格式，jobiph格式将来会被替代，因此缺少维护。主要存在两个问题，大概至今也没有彻底解决：

1. 如果做多步rasscf计算，并且活性空间发生了变化，那么jobiph会被破坏
2. molcas 8.0以后的jobiph文件增加了一些内容，但是转化工具没有更新，如果转化报错（依赖于molcas版本），需要参照保存jobiph文件的molcas源代码，把缺少的内容补充到转化工具里。

要避免上述问题，建议用rasorb（已经是格式化的文本文件），或者用h5

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