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标题: 表面吸附模型几何优化or动力学后吸附质飞起来了 [打印本页]

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-1-5 16:49
标题: 表面吸附模型几何优化or动力学后吸附质飞起来了
通过build layer的方法将基底和吸附质组合在一起。固定基底后进行几何优化后出现：1.吸附质脱离基底飞起
2.吸附质有规则定向排列
3.吸附质与基底无密切吸附接触
请问这是因为什么原因呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-1-5 19:44

本菜鸡提出的解决办法：①减小盒子，或者多加上层的分子；②NPT试试；③但如果真空实在太多，NPT也不能很好消除真空，那就再多加点上层分子，或者减小盒子，再NPT

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-1-6 09:14

牧生发表于 2022-1-5 19:44
本菜鸡提出的解决办法：①减小盒子，或者多加上层的分子；②NPT试试；③但如果真空实在太多，NPT也不能很 ...

就我不为消除真空，就是想建一个基底、水分、真空三层的模型，然后研究水分和基底的吸附作用。就如果用NPT的话，这种吸附模型基底是否要固定呀!?

作者
Author: 牧生 时间: 2022-1-6 09:34

WB1040720479 发表于 2022-1-6 09:14
就我不为消除真空，就是想建一个基底、水分、真空三层的模型，然后研究水分和基底的吸附作用。就如果用NP ...

我认为，刻意建立真空是不合理的，不符合真实情况。

就算你建立了基底+真空+水，那么，基底和水距离较远，就没有相互作用了。此时，如果NPT一下，真空就会消失，基底和水就能接触了，就有相互作用了。所以，建立真空的意义何在？

如果建立基底+水+真空，那么，基底和水本来就接触了，在上方建立真空有啥用？

作者
Author: 12342234 时间: 2022-1-6 10:19
看看这个帖子能不能给予你启发http://bbs.keinsci.com/thread-17843-1-1.html

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-6 13:24
如果你做的是固液界面体系，NVT就可以，只考虑单个界面上的模拟自然要做成固相-液相-真空的体系。从你的图里看所有的水分子都是O朝下H朝上，很可能是你的体系上表面带正电下表面带负电造成的，最好检查一下你的力场参数和电荷分配是否合理。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-1-12 20:12

牧生发表于 2022-1-6 09:34
我认为，刻意建立真空是不合理的，不符合真实情况。

就算你建立了基底+真空+水，那么，基底和水距离较 ...

我看别人的文献都是加个真空层的。但如果没有真空层就得想办法取消周期性了。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-1-12 20:12

12342234 发表于 2022-1-6 10:19
看看这个帖子能不能给予你启发http://bbs.keinsci.com/thread-17843-1-1.html

收到，蟹蟹！！

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-1-12 20:19

Lacrimosa 发表于 2022-1-6 13:24
如果你做的是固液界面体系，NVT就可以，只考虑单个界面上的模拟自然要做成固相-液相-真空的体系。从你的图 ...

电荷和力场参数应该没有问题。我试了一下真空层250A就不会出现很明显的这种现象。另外想请教您一下，我把晶体库下载的晶体模型几何优化后-切开-超晶胞-建立表面模型，为得到固-水界面平衡态跑NVT基底完全固定可行嘛？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-13 21:10

WB1040720479 发表于 2022-1-12 20:19
电荷和力场参数应该没有问题。我试了一下真空层250A就不会出现很明显的这种现象。另外想请教您一下，我把 ...

可行，模拟跑完以后最好再检查一下会不会出现你图中的现象

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2022-4-16 21:37
你好，请问楼主这个问题解决了吗?我在模拟的时候也出现了类似的问题：经过动力学优化后溶剂均匀充斥了整个真空层。我的是一种离子晶体，晶面表面会带电荷

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