计算化学公社

标题: 求助amber做的PCA通过ddtpd计算FEL的问题 [打印本页]

作者
Author:
zjn    时间: 2022-1-6 17:34
标题: 求助amber做的PCA通过ddtpd计算FEL的问题
请问卢老师,我用amber做的PCA,然后使用PC1和PC2的数据,通过您的ddtpd,来计算FEL。我有两个问题:第一:请问如何找到能量最低的结构是哪一帧呢。我是这样找的。在result文件中找第三列自由能为0 所在的行数,就是轨迹中对应的那一帧因为amber中会有数值对应的帧数,如我上传的图片。这个前提就是经过ddtpd 处理后的数据的顺序还是原来的顺序。请问这样做正确吗
第二个问题就是引用的话应该怎么引合适

作者
Author:
WaterMirror    时间: 2022-1-6 18:51
你这个标题可能会被社长指责。。。。
作者
Author:
北大-陶豫    时间: 2022-1-6 19:18
先去看置顶帖http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html,把标题改好了再来吧
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-1-6 21:30
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“求助”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理

不要未加说明的情况下使用不常见的缩写FEL,只有很内行、恰好知道ddtpd是什么的人才大概能猜出来你指的是什么
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:
Tian Lu, ddtpd program Version 1.3, http://sobereva.com/73 (accessed on 访问日期)
作者
Author:
zjn    时间: 2022-1-7 11:00
sobereva 发表于 2022-1-6 21:30
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,不好意思老师,下次一定规范
作者
Author:
zjn    时间: 2022-1-7 11:01
sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:

好的,谢谢老师
作者
Author:
Lyueyang2020    时间: 2024-7-25 20:50
本帖最后由 Lyueyang2020 于 2024-7-25 20:54 编辑

请问楼主,amber得到的mode1 mode2,如何使用ddtpd进行计算呢?ddtpd需要的2d.xvg文件格式与amber得到的.dat文件(如您上述贴图)二者有什么区别,需要怎么更改.dat文件才能用ddtpd计算呢?
不好意思打扰大家了,弄明白了,只保留mode1和mode2列就可以了。

作者
Author:
Lyueyang2020    时间: 2024-7-25 21:04
sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:

感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt,前两列是PC1和PC2的坐标,第三列是-LnP的值”,无法得知第三列为0时的轨迹帧数?还请老师赐教。
作者
Author:
Christ    时间: 2024-7-26 10:31
Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt, ...

你好,我也遇到和您相同的问题,我的目的是统计出来概率密度最大的点计算MM/PBSA。

所以我就写了一个脚本统计落在ground minima范围中的一个重要的interval。

具体的操作逻辑如下:
(1) 通过Dr Tian Lu (Mr Sob) 的软件计算出free energy 在PC1-PC2坐标系里的分布,然后找到free energy最低的点(PC1_min, PC2_min)。
(2) 定义我们的ground minima的范围: PC1落在PC1_min ± ΔPC1, PC2落在PC2_min ± ΔPC2。
(3) 统计落在 ground minima 范围中的frames数量最多的一个 1 ns 然后计算MM/PBSA (这一步用我的代码)。

文章已经小修返回杂志社了,待接收后我会再此公开代码的。
作者
Author:
zhjzs    时间: 2025-2-5 21:25
Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt, ...

我也是同样的问题,我计算的是最后20000帧,处理之后result2.txt是10000,我现在也是不知道怎么找对应的帧数,拜托求助求助!!!




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3