计算化学公社

标题: 求助amber做的PCA通过ddtpd计算FEL的问题 [打印本页]

作者
Author: zjn 时间: 2022-1-6 17:34
标题: 求助amber做的PCA通过ddtpd计算FEL的问题
请问卢老师，我用amber做的PCA，然后使用PC1和PC2的数据，通过您的ddtpd,来计算FEL。我有两个问题：第一：请问如何找到能量最低的结构是哪一帧呢。我是这样找的。在result文件中找第三列自由能为0 所在的行数，就是轨迹中对应的那一帧因为amber中会有数值对应的帧数，如我上传的图片。这个前提就是经过ddtpd 处理后的数据的顺序还是原来的顺序。请问这样做正确吗
第二个问题就是引用的话应该怎么引合适

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-1-6 18:51
你这个标题可能会被社长指责。。。。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-1-6 19:18
先去看置顶帖http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，把标题改好了再来吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-6 21:30
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“求助”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

不要未加说明的情况下使用不常见的缩写FEL，只有很内行、恰好知道ddtpd是什么的人才大概能猜出来你指的是什么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序，看能量最低的帧号便知

2 引用：
Tian Lu, ddtpd program Version 1.3, http://sobereva.com/73 (accessed on 访问日期）

作者
Author: zjn 时间: 2022-1-7 11:00

sobereva 发表于 2022-1-6 21:30
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，不好意思老师，下次一定规范

作者
Author: zjn 时间: 2022-1-7 11:01

sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序，看能量最低的帧号便知

2 引用：

好的，谢谢老师

作者
Author: Lyueyang2020 时间: 2024-7-25 20:50
本帖最后由 Lyueyang2020 于 2024-7-25 20:54 编辑

请问楼主，amber得到的mode1 mode2,如何使用ddtpd进行计算呢？ddtpd需要的2d.xvg文件格式与amber得到的.dat文件（如您上述贴图）二者有什么区别，需要怎么更改.dat文件才能用ddtpd计算呢？
不好意思打扰大家了，弄明白了，只保留mode1和mode2列就可以了。

作者
Author: Lyueyang2020 时间: 2024-7-25 21:04

sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序，看能量最低的帧号便知

2 引用：

感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行（输入文件有14000帧），如教程所述“result2.txt，前两列是PC1和PC2的坐标，第三列是-LnP的值”，无法得知第三列为0时的轨迹帧数？还请老师赐教。

作者
Author: Christ 时间: 2024-7-26 10:31

Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行（输入文件有14000帧），如教程所述“result2.txt， ...

你好，我也遇到和您相同的问题，我的目的是统计出来概率密度最大的点计算MM/PBSA。

所以我就写了一个脚本统计落在ground minima范围中的一个重要的interval。

具体的操作逻辑如下：
（1）通过Dr Tian Lu （Mr Sob) 的软件计算出free energy 在PC1-PC2坐标系里的分布，然后找到free energy最低的点(PC1_min, PC2_min)。
（2）定义我们的ground minima的范围： PC1落在PC1_min ± ΔPC1, PC2落在PC2_min ± ΔPC2。
（3）统计落在 ground minima 范围中的frames数量最多的一个 1 ns 然后计算MM/PBSA （这一步用我的代码）。

文章已经小修返回杂志社了，待接收后我会再此公开代码的。

作者
Author: zhjzs 时间: 2025-2-5 21:25

Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行（输入文件有14000帧），如教程所述“result2.txt， ...

我也是同样的问题，我计算的是最后20000帧，处理之后result2.txt是10000，我现在也是不知道怎么找对应的帧数，拜托求助求助！！！

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