计算化学公社

标题: 求助：polymatic工具中使用并行版lammps报错 [打印本页]

作者
Author: hymn 时间: 2022-1-6 21:03
标题: 求助：polymatic工具中使用并行版lammps报错

在使用polymatic进行交联时，调用并行版本的lammps，运行中出现了application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 1 错误，请问各位老师这要如何解决呢，谢谢大家

作者
Author: hymn 时间: 2022-2-24 09:16
发现是lammps运行报错

作者
Author: yycpolymer 时间: 2022-12-27 18:46
请问您是怎么使用的polymatic的呢，没太用明白，运行例子的时候报错：Can't locate Polymatic.pm in @INC (you may need to install the Polymatic module) (@INC contains: /path/to/polymatic/module /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.34.0 /usr/local/share/perl/5.34.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.34 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.34 /usr/share/perl/5.34 /usr/local/lib/site_perl) at ./polym.pl line 55.
BEGIN failed--compilation aborted at ./polym.pl line 55. 您能帮助我一下嘛? 谢谢你了

作者
Author: hymn 时间: 2023-1-12 14:43

yycpolymer 发表于 2022-12-27 18:46
请问您是怎么使用的polymatic的呢，没太用明白，运行例子的时候报错：Can't locate Polymatic.pm in @INC ( ...

你需要把perl脚本中的use lib '/path/to/polymatic/module' 引号中的地址改为Polymatic.pm的地址

作者
Author: yycpolymer 时间: 2023-2-8 18:31
好的，感谢楼主，问题已经解决了，但是还有个问题，polymatic可以交联加成型聚合物吗，定义连接原子时能否同一种原子类型，我试了下无法运行

作者
Author: hymn 时间: 2023-2-16 09:32
可以成型聚合物，你可以尝试将连接前后原子的名称自定义一下。

作者
Author: yycpolymer 时间: 2023-3-1 14:58
您能详细说一下该如何自定义么，通过修改力场文件？

作者
Author: 294459463 时间: 2025-3-25 20:27

yycpolymer 发表于 2023-3-1 14:58
您能详细说一下该如何自定义么，通过修改力场文件？

您好，请问调用python的时候是用python2进行运算的嘛？如何安装python2呢？

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