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标题: 已解决：什么方法可以做到把特定组氨酸突变为质子化状态？ [打印本页]

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-6 21:06
标题: 已解决：什么方法可以做到把特定组氨酸突变为质子化状态？
本帖最后由 Kamala 于 2022-1-7 21:13 编辑

问题就是标题，谢谢大家答复！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-6 21:45
用gview之类手画就行了，注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepare/

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作者
Author: fhh2626 时间: 2022-1-7 10:23
如果是MD之类的建模的话可以用CHARMM-GUI

作者
Author: panernie 时间: 2022-1-7 11:49
如果是使用gmx跑MD的话，pdb2gmx后面加个-his（-inter），进行手动选择即可。

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-7 14:04

sobereva 发表于 2022-1-6 21:45
用gview之类手画就行了，注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepa ...

感恩！

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-7 14:05

panernie 发表于 2022-1-7 11:49
如果是使用gmx跑MD的话，pdb2gmx后面加个-his（-inter），进行手动选择即可。

噢噢好~

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-7 14:06

fhh2626 发表于 2022-1-7 10:23
如果是MD之类的建模的话可以用CHARMM-GUI

建模已经好了，想考查改变某个质子化状态对结合能的影响

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-7 14:45

sobereva 发表于 2022-1-6 21:45
用gview之类手画就行了，注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepa ...

sob 点击re-prepare protein后出现“can only convert an array of size 1 to a Python scalar”是哪里出问题了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:06

Kamala 发表于 2022-1-7 14:45
sob 点击re-prepare protein后出现“can only convert an array of size 1 to a Python scalar”是哪里出 ...

我没遇见过，可以发邮件问开发者

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