计算化学公社

标题: 请问怎么使用ACD/ChemSketch计算logP [打印本页]

作者
Author: weixue 时间: 2022-1-7 10:42
标题: 请问怎么使用ACD/ChemSketch计算logP
大家好！目前正在学习用ACD/ChemSketch计算logP，请问应该怎么计算，就是我理论上有一个分子，想通过理论手段计算一下这个分子的亲脂性，还有一个问题是，亲脂性和分子的偶极矩有关系吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 10:46
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“使用ACD/ChemSketch计算logP ”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 10:50
我不用这东西，免费、好用的能计算LogP的程序有的是，例如http://www.sioc-ccbg.ac.cn/?p=42&software=xlogp3

没直接联系
可以说体系极性越大亲脂性越弱，但极性没有唯一衡量方式，偶极矩很多情况也不适合用于衡量，而MPI指数倒是相对比较普适的指标，仔细看此文
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）

作者
Author: weixue 时间: 2022-1-7 10:57

sobereva 发表于 2022-1-7 10:50
我不用这东西，免费、好用的能计算LogP的程序有的是，例如http://www.sioc-ccbg.ac.cn/?p=42&software=xlog ...

谢谢您的回复，您提供的这个软件的说明书有吗？应该怎么计算亲脂性

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 11:59

weixue 发表于 2022-1-7 10:57
谢谢您的回复，您提供的这个软件的说明书有吗？应该怎么计算亲脂性

使用那么简单，进去自己一看便知

亲脂性是个概念，没有唯一衡量方式，LogP是一种常用的对它的体现

作者
Author: weixue 时间: 2022-1-7 13:54

sobereva 发表于 2022-1-7 11:59
使用那么简单，进去自己一看便知

亲脂性是个概念，没有唯一衡量方式，LogP是一种常用的对它的体现

您好这个是用高斯优化好的转成mol文件之后进行计算吗

作者
Author: weixue 时间: 2022-1-7 15:16
标题: chemdraw中计算的clogP是代表亲脂性吗
最近在学习理论计算小分子的亲脂性，我的分子是带2个正电荷的，请问用chemdraw中的选项view中的show chemical properties window中计算出来的cloP是代表分子的亲脂性吗？另外，是否还有其他的计算方法

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:14

weixue 发表于 2022-1-7 13:54
您好这个是用高斯优化好的转成mol文件之后进行计算吗

不用优化
直接建模，初始结构不离谱就行
本身这个预测LogP的算法也不看你三维坐标

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:15

weixue 发表于 2022-1-7 15:16
最近在学习理论计算小分子的亲脂性，我的分子是带2个正电荷的，请问用chemdraw中的选项view中的show chemic ...

把名字拼对
cLogP只不过是LogP的计算方法的一种
用我前面说的XlogP3预测LogP就完了，又快又免费又精准（相对于目前已有的方法和程序来说）。用ChemDraw你还得花好多钱买程序，结果还没XlogP3好。

还有其它大把的工具能预测LogP，下文里搜LogP
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43

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