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标题: 请教计算蛋白质的回旋半径产生的TM.xvg文件的内容 [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-1-7 15:43
标题: 请教计算蛋白质的回旋半径产生的TM.xvg文件的内容
您好！
我用gromacs的
gmx_mpi gyrate -f ../all_part3.trr -s ../proteinonly.tpr -o TM.xvg -n gy.ndx  命令计算了一个离子通道蛋白的回旋半径，产生了一个TM.xvg文件，内容如下：
想请教一下，TM.xvg文件的第二、三、四、五列数据代表什么含义？是怎么计算得到的？第二列数值和三、四、五列有数据上的关联吗？
非常感谢您的帮助！

@ title "Radius of gyration (total and around axes)"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "Rg (nm)"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Rg"
@ s1 legend "Rg\sX\N"
@ s2 legend "Rg\sY\N"
@ s3 legend "Rg\sZ\N"
         0    2.98936    2.27953    2.26144    2.74994
   1000    3.02309    2.31773    2.27246    2.78248
   2000    3.04117    2.31712    2.2939    2.80472
   3000    3.05499    2.3275    2.30402    2.81783
   4000    3.04866    2.31864    2.30221    2.8129
   5000    3.06207    2.32145    2.31831    2.82647
   6000    3.06182    2.33805    2.29891    2.82807

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-8 06:04
用grace基于xvg文件作图出来（带着-nxy选项同时绘制所有数据），一看图例便知

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作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-1-8 08:58

sobereva 发表于 2022-1-8 06:04
用grace基于xvg文件作图出来（带着-nxy选项同时绘制所有数据），一看图例便知

谢谢卢老师的答复！

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