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标题: TS寻找过渡态不收敛，求关键词指导 [打印本页]

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Author: 王婷婷 时间: 2022-1-7 16:00
标题: TS寻找过渡态不收敛，求关键词指导
本帖最后由王婷婷于 2022-1-14 21:49 编辑

关键词和原子信息如下，求指导一下这样的关键词是否合理？
# opt=(calcfc,ts,cartesian,noeigen) rb3lyp/6-311++g(d,p)
scrf=(iefpcm,solvent=water)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-7 16:28
结构不合理，SN2反应的亲核试剂和离去基团是互为反位的，你画成顺位了

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-7 16:45

wzkchem5 发表于 2022-1-7 16:28
结构不合理，SN2反应的亲核试剂和离去基团是互为反位的，你画成顺位了

你好，请问我这个是SCN-去进攻环S底物使其开环，应该不会有离去基团，我不知到这个算不算是SN2反应，

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-7 17:46

王婷婷发表于 2022-1-7 09:45
你好，请问我这个是SCN-去进攻环S底物使其开环，应该不会有离去基团，我不知到这个算不算是SN2反应，

这个也属于SN2反应（你可以查一下SN2反应的定义，不要用百度，必须用谷歌或维基），所以SCN-必须在开环生成的那个S-的反位。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-1-7 19:47
本帖最后由北大-陶豫于 2022-1-7 19:50 编辑

环氧乙烷开环是典型的SN2反应，应该任何一本大学基础有机化学教材上都有讲，你的体系完全是同理
你这个体系 6-311++G** 毫无必要，给明显带负电的原子（这里是硫和氮）用 6-311++G** 、其它原子用 6-31G* 就足够，可以看这篇文章：详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
也可以先计算 SCN- 与环硫乙烷的SN2过渡态（苯环什么的都不要了，计算量大幅降低），得到相关几何参数后再照搬到当前体系

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-7 22:25

北大-陶豫发表于 2022-1-7 19:47
环氧乙烷开环是典型的SN2反应，应该任何一本大学基础有机化学教材上都有讲，你的体系完全是同理
你这个体 ...

感谢指导，我是刚开始接触Gaussian 计算，还不知道该如何在gjf里面去加混合基组，所以选择了在gview里面直接选择的，谢谢指导，我还需要多多学习

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-1-8 09:50

王婷婷发表于 2022-1-7 22:25
感谢指导，我是刚开始接触Gaussian 计算，还不知道该如何在gjf里面去加混合基组，所以选择了在gview里面 ...

初学者不要用GView生成关键词，输入文件内除原子坐标用GView生成外，其它所有内容都自己写。写的所有关键词都务必要保证自己知道它的含义，严禁使用不知道什么含义的关键词

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-8 21:35

北大-陶豫发表于 2022-1-8 09:50
初学者不要用GView生成关键词，输入文件内除原子坐标用GView生成外，其它所有内容都自己写。写的所有关键 ...

好的学习了！非常感谢您的指导，我会努力学习的

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-8 21:37

wzkchem5 发表于 2022-1-7 17:46
这个也属于SN2反应（你可以查一下SN2反应的定义，不要用百度，必须用谷歌或维基），所以SCN-必须在开环生 ...

好的，我去学习了。我还想请您帮我看一下这种结构是反位吗？C                3.33724841 1.46654694 0.28830389
C                2.00510869 1.22180851 0.58972132
C                1.36446507 0.08201052 0.08661240
C                2.07863086 -0.80334138 -0.72343757
C                3.41768179 -0.53368429 -1.02633919
C                4.06865270 0.59180277 -0.52732207
H                3.81660200 2.35399341 0.68276173
H                1.44119772 1.90440433 1.21473519
H                1.61445829 -1.68948751 -1.13224636
H                3.95565883 -1.22505127 -1.66665272
O                0.05251495 -0.07182307 0.44272561
C                -0.65756375 -1.22836540 -0.02633175
H                -0.13437767 -2.13630883 0.29107573
H                -0.71467258 -1.21657793 -1.11963724
C                -2.05029755 -1.20907672 0.58612436
H                -1.95987134 -1.18029810 1.67276072
C                5.52643254 0.84088966 -0.82396712
H                6.14101457 0.58521743 0.05075364
H                5.84720437 0.19924577 -1.65319436
O                5.71912554 2.22743561 -1.15347517
H                6.66920940 2.40177405 -1.17177945
S                -3.19565853 -2.51263304 -0.06423650
C                -1.21948471 2.38837026 -0.75885908
N                -0.63717458 3.40627358 -0.85412720
S                -2.05576102 1.12826582 -0.45927960
C                -3.14246175 -0.31138515 -0.02455330
H                -3.19693245 -0.48327590 -1.07925065
H                -4.08610987 -0.54265059 0.42371507

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-8 22:39

王婷婷发表于 2022-1-8 14:37
好的，我去学习了。我还想请您帮我看一下这种结构是反位吗？C 3.33724841 1.4665469 ...

对，不过键长键角不太合理，太偏向产物一侧了，尤其是生成的那根C-S键太短了。我给调整了一下，现在应该更像过渡态一些
C                3.64790743 0.69257607 1.01912228
C                2.28815579 0.54776563 1.25460270
C                1.51578897 -0.29287243 0.44253162
C                2.12705170 -0.98088156 -0.60773645
C                3.49696475 -0.81300447 -0.83725173
C                4.27778529 0.01397234 -0.03355343
H                4.22992816 1.34885724 1.65432696
H                1.80368964 1.07983517 2.06501588
H                1.56059913 -1.63364259 -1.25648162
H                3.95495275 -1.34532504 -1.66447046
O                0.18665221 -0.37090792 0.75717499
C                -0.65756375 -1.22836540 -0.02633175
H                -0.26623424 -2.25073794 -0.00516414
H                -0.68574981 -0.88152472 -1.06441862
C                -2.05029755 -1.20907672 0.58612436
H                -1.95987134 -1.18029810 1.67276072
C                5.76250282 0.14477991 -0.26521672
H                6.31646319 -0.44083921 0.48204088
H                6.01641461 -0.25504100 -1.25410060
O                6.14383623 1.52785113 -0.16564440
H                7.10875374 1.57190827 -0.14611368
S                -3.19565853 -2.51263304 -0.06423650
C                -2.52086280 3.35596056 0.48757288
N                -2.79789866 4.49943559 0.48551324
S                -2.35806390 1.82284172 0.48406805
C                -3.14246175 -0.31138515 -0.02455330
H                -3.18107436 0.07714439 -1.02077308
H                -4.05024617 0.03504929 0.42356570

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