计算化学公社

标题: 如何理论计算一个小分子的IC50值 [打印本页]

作者
Author: weixue 时间: 2022-1-7 19:57
标题: 如何理论计算一个小分子的IC50值
大家有什么软件能算一个配合物的药物的IC50值吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-7 22:02
计算结合自由能，然后手动换算成IC50。
结合自由能的计算方法一搜一大把

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 22:25
deltaG=RTLn(IC50)
算出受体-配体结合自由能deltaG一换算就有。这不是对药物来说的，是对药物-受体来说的。

动力学上，用TI/FEP、MM/PBSA等方法能算。通过GROMACS和AMBER等程序可实现
量化上，通常用簇模型，参考
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

各有利弊，不是几句话能说清楚的

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