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标题: 吸附能可能低至-48eV吗？可能的原因是什么呢？ [打印本页]

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 10:54
标题: 吸附能可能低至-48eV吗？可能的原因是什么呢？
各位老师好我又来求助了，本人在计算苯胺分子在钴金属表面的吸附能，计算选取slab模型为3层，真空层为20A，K点为2*2*1，优化前后的初末态结构都很合理，但是计算出的吸附能为-48.4185 eV，实在想不通为什么会出现这么奇怪的结果？附件是我的INCAR和结构文件，还请各位老师帮忙指点一二！
INCAR参数：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
优化前的结构： (, 下载次数 Times of downloads: 32) (, 下载次数 Times of downloads: 40)

优化后的结构（变化很小，和文献报道的苯胺在铜表面的吸附结构很一致）：
(, 下载次数 Times of downloads: 25) (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 11:01
忘了补充了，E(adsorption)=E(slab+mol)-E(slab)-E(mol)=-1235.4448--1098.8605--88.1658=-48.4185 eV，小分子的slab优化时取得ISMEAR=0，SIGMA=0.01，其余参数小分子和金属表面的结构优化和上述的参数完全一致。

作者
Author: 吴双 时间: 2022-1-10 11:02
算吸附能，你用的能量是哪个？

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 11:03

吴双发表于 2022-1-10 11:02
算吸附能，你用的能量是哪个？

就是提取的OSZICAR中最后一步的E0

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 12:41

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 11:03
就是提取的OSZICAR中最后一步的E0

要不然OUTCAR都发来看看呢？

作者
Author: 壹零壹室掃地僧 时间: 2022-1-10 13:05
确定三个优化的INCAR参数是否都一致？最好仔细检查下，尤其看看ALGO取得一样不。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 14:28

卡开发发发表于 2022-1-10 12:41
要不然OUTCAR都发来看看呢？

老师好，这三个OUTCAR分别是我的molecular slab和吸附模型的slab优化计算的结果，因为苯胺的数据还在重算所以给的是另一个小分子的数据。
(, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 14:32

壹零壹室掃地僧发表于 2022-1-10 13:05
确定三个优化的INCAR参数是否都一致？最好仔细检查下，尤其看看ALGO取得一样不。

ALGO取得不一样，算小分子和单表面的时候取得Fast，但是算吸附结构的时候因为速度太慢了取得VeryFast，其余参数都完全一致，但是我一直以为ALGO只会影响收敛的速度，不影响结果的可靠性，不知这点是不是我理解错误了。
另外，我思考之后觉得SIGMA的取值太大了，可能也是一个原因，但是不知道是不是有可能导致差距这么大，因为做sigma-test的时候单个结构的能量差距并不大，1ev之内。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-10 15:04
此帖四处违规：

VASP是第一性原理程序，相关帖子不要发到量子化学板块，给你移动了，以后注意
以后发帖时不要写【求助】这种标签，这里明确说了http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，给你去了，以后注意
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
OUTCAR这种文本型文件如果超过500KB必须压缩后再上传，论坛首页公告栏明确说了，以后注意

作者
Author: 壹零壹室掃地僧 时间: 2022-1-10 15:04

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 14:32
ALGO取得不一样，算小分子和单表面的时候取得Fast，但是算吸附结构的时候因为速度太慢了取得VeryFast，其 ...

同一个体系，算法不一样，得到的能量是不一样的。你把ALGO统一之后看看。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 15:12

sobereva 发表于 2022-1-10 15:04
此帖四处违规：

VASP是第一性原理程序，相关帖子不要发到量子化学板块，给你移动了，以后注意

好的老师，非常不好意思！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 15:43

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 15:12
好的老师，非常不好意思！

不是上面说的问题，三个OUTCAR里面给出的原子数（NIONS字段）：
OUTCAR1：14
OUTCAR2：168
OUTCAR3：191
你可能需要仔细检查一下你的模型。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 16:20

卡开发发发表于 2022-1-10 15:43
不是上面说的问题，三个OUTCAR里面给出的原子数（NIONS字段）：
OUTCAR1：14
OUTCAR2：168

十分抱歉老师，经您提醒才发现OUTCAR-1文件放错了（之前的那个是苯胺的OUTCAR），现在这个是正确的NIONS=23。也存在同样的问题，即E(adsorption)=E(slab+mol)-E(slab)-E(mol)=-1275.1269
-（-1098.8605）-（-129.0427 ）= -47.2237 eV。另外，老师您的意思是说不是上面的ALGO和sigma的设置问题，但是这么低的吸附能也实在是太匪夷所思了

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-1-10 16:53

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 16:20
十分抱歉老师，经您提醒才发现OUTCAR-1文件放错了（之前的那个是苯胺的OUTCAR），现在这个是正确的NIONS= ...

Co的POTCAR为啥不一致，POTCAR: PAW_PBE Co 02Aug2007；POTCAR: PAW_PBE Co 06Sep2000？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 17:10
本帖最后由卡开发发于 2022-1-10 17:26 编辑

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 16:20
十分抱歉老师，经您提醒才发现OUTCAR-1文件放错了（之前的那个是苯胺的OUTCAR），现在这个是正确的NIONS= ...

应该是楼上说的赝势问题，其他影响应该是次要的。道理上说，ALGO一般而言影响很小，因为只是求解本征值的算法不一样，不应该有特别显著的差异。SIGMA的差异则可以通过SCF最后一步的“entropy T*S EENTRO”这个字段来得到SIGMA的影响，看起来应该是可以忽略的。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 17:21
本帖最后由卡开发发于 2022-1-10 17:30 编辑

jiangning198511 发表于 2022-1-10 16:53
Co的POTCAR为啥不一致，POTCAR: PAW_PBE Co 02Aug2007；POTCAR: PAW_PBE Co 06Sep2000？

应该就是这个问题，要不然三个体系的EATOM差距不会那么大

。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 21:00

jiangning198511 发表于 2022-1-10 16:53
Co的POTCAR为啥不一致，POTCAR: PAW_PBE Co 02Aug2007；POTCAR: PAW_PBE Co 06Sep2000？

谢谢老师指出的问题，POTCAR的不一致应该是因为一个是我用Vaspkit特地生成的，一个是生成KPOINTS的时候产生的，计算的时候也没有检查两者的一致性（万分没想到）。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-10 21:02

卡开发发发表于 2022-1-10 17:10
应该是楼上说的赝势问题，其他影响应该是次要的。道理上说，ALGO一般而言影响很小，因为只是求解本征值的算 ...

应该是的，我之后重算一遍，谢谢老师的指导和分享！

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-1-11 08:57

Daisy_zju 发表于 2022-1-10 21:00
谢谢老师指出的问题，POTCAR的不一致应该是因为一个是我用Vaspkit特地生成的，一个是生成KPOINTS ...

统一用VASPKIT生成应该就一致了

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-11 17:20

jiangning198511 发表于 2022-1-11 08:57
统一用VASPKIT生成应该就一致了

老师您好，不好意思再麻烦您一下，我昨晚统一赝势之后重新计算，现在吸附结构的计算还没完成但是几近收敛，发现虽然吸附能有所改善，但是数值还是在-34eV左右，附件里打包了我的吸附质（OUTCAR-1）、纯表面(OUTCAR-2)和吸附结构（OUTCAR-3）的结果以及吸附过程优化的参数文件。不知道老师能不能再帮我看一看，谢谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-12 09:04

Daisy_zju 发表于 2022-1-11 17:20
老师您好，不好意思再麻烦您一下，我昨晚统一赝势之后重新计算，现在吸附结构的计算还没完成但是几近收敛 ...

这次的问题来源于只有OUTCAR-3的体系做了DFT-D3(zero)的修正（也就是IVDW=11），而其他的两个都没做，这部分的能量贡献为Edisp (eV) -34.45662。

另一个问题是纯Co体系的ENAUG和其他两个不相同，可能是简单设置PREC导致的，不过这个不是导致你结果异常的最大因素。

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-1-12 13:09

Daisy_zju 发表于 2022-1-11 17:20
老师您好，不好意思再麻烦您一下，我昨晚统一赝势之后重新计算，现在吸附结构的计算还没完成但是几近收敛 ...

你的问题是输入文件中关键参数要保持一致，最好保持一致(当然与系统相关的需要修改)，另外需要极度仔细的检查自己的输出文件

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-12 13:42

卡开发发发表于 2022-1-12 09:04
这次的问题来源于只有OUTCAR-3的体系做了DFT-D3(zero)的修正（也就是IVDW=11），而其他的两个都没做，这 ...

谢谢老师的指导，修改之后吸附能正常了，麻烦老师了！

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-1-12 13:43

jiangning198511 发表于 2022-1-12 13:09
你的问题是输入文件中关键参数要保持一致，最好保持一致(当然与系统相关的需要修改)，另外需要极度仔细 ...

是的，经卡开发发老师提醒后发现小分子计算的INCAR出了点问题，谢谢老师的指导！

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