计算化学公社

标题: 高斯怎么优化羧酸根等带电荷的基团 [打印本页]

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2022-1-10 15:23
标题: 高斯怎么优化羧酸根等带电荷的基团
本帖最后由小蒜泥于 2022-1-10 15:23 编辑

各位老师，我用高斯计算了一个DA反应，是丙烯酸分子和吡喃酮分子靠近，形成两个C-C键，我是先优化得到了加成后的产物，想从产物倒着扫描两个C-C键拉长的过程，问题是丙烯酸分子的羧基和氧负离子是和Lewis酸Mg2+配位的，但是在扫描过程中发现，Mg2+由于带正电，会和吡喃酮分子中酯基氧原子不断靠近，所以优化的过渡态结构的能量由于Mg和O的相互作用相较反应物和产物很低，和真实情况有差异，想请教各位大神有没有办法控制Mg和O的作用带来的影响？（下图分别是分别优化的Mg-丙烯酸和吡喃酮，以及扫描中的结构和产物）
还有一个问题是，如果只优化产物分子，其中带有羧酸根和羟基负离子，电荷设置为-2，结果O负离子会变为C=O，其他C-C键断开，但如果在羧酸根和氧负上各加一个质子变为中性的，则可以优化得到产物，想问一下有没有办法优化得到带有羧酸根和羟基负离子的结构，谢谢大家！！（如下图最后一张）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-10 16:30
Mg必须做显式溶剂化，也就是用溶剂分子把Mg的空配位点都饱和掉，且必须用隐式溶剂模型描述第一配位层以外的溶剂

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-1-11 00:26
Lewis酸参与的反应都需要配位饱和。。。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-11 03:32
你得说清楚原先你怎么算的
局部显离子性的体系是一定要带隐式溶剂模型的，若是在真空下计算没有丝毫意义，至少隐式溶剂能极大地削弱Mg2+和O的相互作用。必要也考虑前面回复里说的给Mg2+带上显式溶剂

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2022-1-11 09:24

wzkchem5 发表于 2022-1-10 16:30
Mg必须做显式溶剂化，也就是用溶剂分子把Mg的空配位点都饱和掉，且必须用隐式溶剂模型描述第一配位层以外的 ...

以前忽略了这个问题，谢谢老师指点！

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2022-1-11 09:24

WaterMirror 发表于 2022-1-11 00:26
Lewis酸参与的反应都需要配位饱和。。。。。。

嗯嗯是的，非常感谢！

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2022-1-11 09:25

sobereva 发表于 2022-1-11 03:32
你得说清楚原先你怎么算的
局部显离子性的体系是一定要带隐式溶剂模型的，若是在真空下计算没有丝毫意义， ...

我确实没考虑溶剂模型，谢谢sob老师指点！！

作者
Author: WaterMirror 时间: 2022-1-11 14:33

小蒜泥发表于 2022-1-11 09:24
嗯嗯是的，非常感谢！

大部分情况下都需要配位饱和，有些很特殊很特殊的情况，才会出现不饱和，一般也就是缺一个配体，具体的例子可以看看北大余老师的文章

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2022-9-28 10:07

WaterMirror 发表于 2022-1-11 14:33
大部分情况下都需要配位饱和，有些很特殊很特殊的情况，才会出现不饱和，一般也就是缺一个配体，具体的例 ...

好的老师，我去看一下学习学习，感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)