计算化学公社

标题: 求助关于不同组分的itp文件整合 [打印本页]

作者
Author: yingbin 时间: 2022-1-11 00:01
标题: 求助关于不同组分的itp文件整合
之前使用charmm-gui生成了多糖的gro文件跟itp文件，然后请教了关于itp文件跟charmm力场中相应的itp文件的整合方式。但是charmm-gui网站生成的itp文件的atomtype中与charmm力场中有相同的部分，并且charge的值不一样，这个时候要怎么处理比较好呢？这种文件中其他部分出现相同的定义也都是要去重的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-11 03:04
有相同的没关系，会用最后一次定义的

[atomtypes]里的charge没实际用处，原子电荷几乎总是用[atoms]里的

发帖时不要自己在标题里写[求助]这种标签，这里明确说了：http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你改了，以后注意

作者
Author: yingbin 时间: 2022-1-11 14:33

sobereva 发表于 2022-1-11 03:04
有相同的没关系，会用最后一次定义的

[atomtypes]里的charge没实际用处，原子电荷几乎总是用[atoms]里的 ...

抱歉老师，我记住了，谢谢您的解答，然后我还有个问题，charmm-gui生成的CARB.itp文件里面包含了[atom], [dihedrals]这些部分之外还有[ position_restraints ]有关位置限制的部分，这些我需要分出来重新建一个文件然后再拓扑文件里面include吗，还是可以直接在拓扑文件的位置限制部分直接include CARB.itp？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-12 02:54

yingbin 发表于 2022-1-11 14:33
抱歉老师，我记住了，谢谢您的解答，然后我还有个问题，charmm-gui生成的CARB.itp文件里面包含了[atom], ...

怎么include完全随你，始终记住grompp看到的是所有include都展开之后的文件

作者
Author: yingbin 时间: 2022-1-12 09:55

sobereva 发表于 2022-1-12 02:54
怎么include完全随你，始终记住grompp看到的是所有include都展开之后的文件

好的，谢谢老师

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