计算化学公社

标题: 蛋白质进行能量最小化后结构发生破碎 [打印本页]
作者
Author: Tyzhang    时间: 2022-1-11 18:46
标题: 蛋白质进行能量最小化后结构发生破碎
求助，创建盒子后，进行能量最小化，发现蛋白结构中的一段序列从结构中碎裂，如图。使用以下VMD的pbc命令，仍旧为原样。请问是哪里出了问题，是否可以继续进行模拟。谢谢大家！pbc wrap -compound res-all pbc box
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-1-11 20:37
碎裂下来的片段原来在蛋白的某一端还是中间？这个片段具体包括哪些残基？这个片段在初始结构里是和蛋白骨架里的其他原子成键的吗？
作者
Author: Tyzhang    时间: 2022-1-11 20:46
正好在中间，而且紧挨盒子的边界
作者
Author: sobereva    时间: 2022-1-12 03:29
老生常谈的盒子边缘截断体系的问题
此文里搜-pbc看相关文字
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
作者
Author: Tyzhang    时间: 2022-1-12 10:57
感谢sob老师的回复，谢谢！



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3