计算化学公社

标题: 关于Gromacs和gaussian连用的QMMM计算的问题 [打印本页]

作者
Author: yjb 时间: 2022-1-11 19:42
标题: 关于Gromacs和gaussian连用的QMMM计算的问题
最近一直在摸索利用gromacs+一些量化程序，如cp2k，gaussian,结合做QMMM的MD模拟，但是遇到了一些问题，希望大家帮忙看看，谢谢大家。

Gromacs和gaussian连用安装

1.安装gaussian09

2.安装FFTW

3.安装gromacs
tar -xvf gromacs-2018.8, 解压完之后进入目录。
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/home/yjb/soft/gromacs-2018.8 -DGMX_QMMM_PROGRAM=GAUSSIAN
在vi ~/.bashrc中加入
source /share/home/yjb/soft/gromacs-2018.8/bin/GMXRC，然后保存。source ~/.bashrc

4. gaussian09和gromacs编译设置参考链接
GROMACS QM/MM教程2：编译设置及简单运行

计算过程：
设置环境变量：
export OMP_NUM_THREADS=1
export GMX_QM_GAUSS_DIR=/share/home/yjb/soft/g09
export GMX_QM_GAUSS_EXE=g09.bsh
export GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR=''
export GMX_QM_GAUSSIAN_NCPUS=28

利用这些能够正常跑起来，但是只能用一个核进行处理，运行速度堪忧。
可不可以让Gaussian量化处理那部分用我设置的28核进行运算？

具体要怎么处理，我不是很清楚，也没什么思路，请各位大佬指导！

谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-12 03:37
看此文，在Default.Route里设置默认的并行核数
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: yjb 时间: 2022-1-12 10:14

sobereva 发表于 2022-1-12 03:37
看此文，在Default.Route里设置默认的并行核数
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.c ...

好的老师

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