计算化学公社

标题: Amber格式力场转换成Gromacs格式的方法请教 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-1-11 21:05
标题: Amber格式力场转换成Gromacs格式的方法请教
各位老师好，最近在利用Gromacs做RNA相关的模拟，选择的是AMBER99以及针对考虑到非规范碱基配对情况的补丁（圈起来的那篇文章）。参数已下载，但是是AMBER格式的，想转化成Gromacs格式的从而用在MD模拟中。但是一直没有好的方法转换成gmx格式的力场文件，或者根据该AMBER格式力场补丁修改gmx力场包下的文件，使得用上这个补丁。
请各位老师指教一下，文献下载的力场补丁已经上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编辑GROMACS力场目录下的ffbonded.itp，在理解GROMACS和AMBER文件格式的前提下添加进去，注意函数形式、单位转换这些问题

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-1-12 09:47

sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

谢谢老师，我试下

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-8-26 11:26

sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

sober老师，要生成amber的拓扑文件，ambertools能实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 13:44

大头攒毛发表于 2022-8-26 11:26
sober老师，要生成amber的拓扑文件，ambertools能实现吗？

ambertools里的leap实现

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-8-26 14:43

sobereva 发表于 2022-8-26 13:44
ambertools里的leap实现

老师，我按照您教的方法安装了ambertools18，为什么pdb4amber命令不起作用？

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