计算化学公社

标题: 求助，批量转换pdbqt格式问题 [打印本页]

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Author: 5撇到3撇 时间: 2022-1-11 23:58
标题: 求助，批量转换pdbqt格式问题
请教各位老师，我在用openBabel gui这个程序来批量转换小分子格式的时候（.pdb-->.pdbqt）,发现转换后的文件都不能用，pymol打开看结构是这样的： (, 下载次数 Times of downloads: 72) 不知道什么原因T_T

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Author: sobereva 时间: 2022-1-12 03:21
且不说openbabel的事，你的原始结构就完全离谱

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Author: 5撇到3撇 时间: 2022-1-12 09:49

sobereva 发表于 2022-1-12 03:21
且不说openbabel的事，你的原始结构就完全离谱

老师这个是我直接从网上下载下来的，不太懂哈T_T

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-12 11:24

5撇到3撇发表于 2022-1-12 09:49
老师这个是我直接从网上下载下来的，不太懂哈T_T

这结构明显违背基本常识，把立体结构完全当成了二维描述

作者
Author: MolAICal 时间: 2022-1-12 13:30
你可以试试MolAICal的第4个教程，批量转化做对接 https://molaical.gitee.io/cntutorial.html

作者
Author: gkxiao 时间: 2022-1-13 22:54
本帖最后由 gkxiao 于 2022-1-13 22:55 编辑

如果仅用openbabel的话，建议至少要用选项--gen3D --best同时生成结构的3D构象并进行初步的优化。但这并不是靠谱的方法；1）结构还需要其它其它的前置处理；2）opebabel在格式转化时有很多潜在的问题，比如柔性键判断错误导致PDBQT树结构错误而对接计算失败等。建议用些靠谱的方法，再用ADT等工具进行结构转化。

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2022-4-13 15:18
open不可用于转换pdbqt，要adt自己的工具

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Author: rina_gamesh 时间: 2023-12-14 18:28

ChaosChiao 发表于 2022-4-13 15:18
open不可用于转换pdbqt，要adt自己的工具

我是用的MGLTools 的 prepare_ligand4.py,转出来也是这样的一块儿异形。所以原始文件是.sdf格式会有影响吗？那是二维的。

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Author: SiqiLee 时间: 2024-1-22 20:05

rina_gamesh 发表于 2023-12-14 18:28
我是用的MGLTools 的 prepare_ligand4.py,转出来也是这样的一块儿异形。所以原始文件是.sdf格式会有 ...

你应该把输入的sdf文件变换成三维（确保原子数目与位置正确，包括H）的再去用prepare_ligand4.py去转换成pdbqt的格式

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