计算化学公社

标题: 如何提高计算速度？ [打印本页]

作者
Author: lujinhui396 时间: 2014-11-16 10:55
标题: 如何提高计算速度？
一个112个原子从体相切出的SLAB模型，共9层，只弛豫4层，优化速度依然很慢。请问有什么方法提高计算速度吗？1个节点，12核

作者
Author: jiewei 时间: 2014-11-16 19:41
原则上是前5层有影响，不过很读时候如果算不动，可以弛豫前三层，一共用6-7层就行了。

作者
Author: lujinhui396 时间: 2014-11-16 19:50

jiewei 发表于 2014-11-16 19:41
原则上是前5层有影响，不过很读时候如果算不动，可以弛豫前三层，一共用6-7层就行了。

请问，固定的原子，位置不动，但他参与什么计算呢？为什么固定了那么多原子后，计算速度依然很慢？

作者
Author: helpme 时间: 2014-11-16 20:50
固定几层，会影响最后要优化多少步。
你要看一下优化一步需要的时间。
这个时间与你固定几层是没有关系的。
这个时间与体系大小有关（原子数目多少，k点多少，cutoff多少，空间层多大，。。。）。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2014-11-16 20:59

lujinhui396 发表于 2014-11-16 19:50
请问，固定的原子，位置不动，但他参与什么计算呢？为什么固定了那么多原子后，计算速度依然很慢？

即便原子坐标被锁定，但是原子的电子仍然参与计算，电子数无增无减，迭代过程的矩阵元数据不变，因此每个电子步计算时长不会被减小。

固定原子坐标只能减小原子核运动的自由度，原则上会缩小离子步，但是有时候不合理的固定不仅造成物理意义缺失，甚至反倒是force或displacement难以收敛，这样也会导致计算时间变长。

作者
Author: 冰山 时间: 2014-12-4 09:25
这么多原子12核肯定要慢。
你可以先放松收敛条件粗优化，再逐渐加强收敛条件。
这样会快一些。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-8-3 09:54
本帖最后由风飞于 2020-8-3 10:36 编辑

卡开发发发表于 2014-11-16 20:59
即便原子坐标被锁定，但是原子的电子仍然参与计算，电子数无增无减，迭代过程的矩阵元数据不变，因此每个 ...

老师，
　　请问使用ＱＥ进行优化的时候先用ｇａｍｍａ点优化，然后再用２２２　０００　的Ｋ点优化，是否会提高速度呢？　　
　或者使用小一点的截断能，然后在逐步提高截断能　是否会提高速度呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-3 11:45

风飞发表于 2020-8-3 09:54
老师，
　　请问使用ＱＥ进行优化的时候先用ｇａｍｍａ点优化，然后再用２２２　０００　的Ｋ点优化，是 ...

收敛性测试是为了保证你所关注的量随着参数提升而达到收敛范围内，一般关注能量和力的收敛也就是因为在构型优化中主要需要的是能量和力（尤其是后者），如果计算中参数选取精度过低会导致能量和力不可靠，从而引入噪声，导致构型优化反而难进行而拖慢计算速度。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-8-3 14:46

卡开发发发表于 2020-8-3 11:45
收敛性测试是为了保证你所关注的量随着参数提升而达到收敛范围内，一般关注能量和力的收敛也就是因为在构 ...

老师，您的意思是做收敛性测试是为了让他更好的收敛，那如果我使用gamma点进行优化，收敛了，提取最终结构，然后再使用222000进行优化，这样可以吗？
感觉这样做相当于获得了较好的初猜，从而加快速度？
此外，高斯计算中，sob老师说过，采用一般的基组进行结构优化，然后采用含高级别基组进行单点能计算，请问这个在 QE计算中适用吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-3 15:05
本帖最后由卡开发发于 2020-8-3 15:06 编辑

风飞发表于 2020-8-3 14:46
老师，您的意思是做收敛性测试是为了让他更好的收敛，那如果我使用gamma点进行优化，收敛了，提取最终结 ...

适用。大前提是低级别计算也不能太差，就好比至少6-31G*起步。太低精度的计算，有可能导致构型优化困难，甚至有可能朝着与高精度结果相反的方向走，到时候反而不能够节约计算量。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-8-4 11:01
本帖最后由风飞于 2020-8-4 11:09 编辑

卡开发发发表于 2020-8-3 15:05
适用。大前提是低级别计算也不能太差，就好比至少6-31G*起步。太低精度的计算，有可能导致构型优化困难， ...

好的谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)