计算化学公社

标题: oniom计算的结构怎样分析轨道 [打印本页]

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-12 14:55
标题: oniom计算的结构怎样分析轨道
各位老师，我用oniom去计算的结构，想分析他的轨道。参考计算化学公社里的一个帖子“ONIOM计算后如何在fchk文件中保存轨道信息” （链：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=22723”，我的结构分为两层：high和low。我输入的：/public/software/apps/g16/g16/formchk -HS 1-RC-m-3-sta-HF.chk 1-RC-m-3-sta-HF-high.fchk
得到的结果是：
Read checkpoint file 1-RC-m-3-sta-HF.chk type G16 Write formatted file 1-RC-m-3-sta-HF-high.fchk
FChkPn: /B/ not available.
Coordinates translated and rotated.
并没有保存轨道信息。在Multiwfn中打开时，得到的报错如图[attach]43963[/attach]
想问一下oniom计算的结构怎样进行轨道分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 13:57
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-13 15:08

sobereva 发表于 2022-1-13 13:57

谢谢Sob老师回复，我还是遇到了问题，请Sob老师帮忙指点一下。
我用了formchk - MS 1-RC-m-3-sta-HF.chk，产生警告。
Read checkpoint file 1-RC-m-3-sta-HF.chk type G16
Write formatted file 1-RC-m-3-sta-HF.fchk
ONIOM: restoring gridpoint  2 on chk file.
FChkPn:  /B/ not available.
Coordinates translated and rotated.
Warning:  fchk array MMPar ICntr element          1 has value 4584592363069127000 set to -1.
Warning:  fchk array MMPar ICntr element          2 has value 4584592363069127000 set to -1.
Warning:  fchk array MMPar ICntr element          3 has value 4584592363069127000 set to -1.
Warning:  fchk array MMPar ICntr element          4 has value 4584592363069127000 set to -1.

我将该fchk文件放入Multiwfn，出现图中的输出情况，我不知道该如何处理，请sob老师指点一下，(由于我不知道怎么在回复中添加图片，我把Multiwfn的输出截图放在下一楼啦。)

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-13 15:08
这是Multiwfn的输出情况

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 15:08

SuXXXX 发表于 2022-1-13 15:08
谢谢Sob老师回复，我还是遇到了问题，请Sob老师帮忙指点一下。
我用了formchk - MS 1-RC-m-3-sta-HF.chk ...

甭管

仔细看置顶的新社员必读贴
图没发出来就编辑帖子重新发，不要发新帖子

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-13 20:32
本帖最后由 SuXXXX 于 2022-1-13 20:35 编辑

sobereva 发表于 2022-1-13 15:08
甭管

仔细看置顶的新社员必读贴

好的好的！我看了下如何加图。
Sob老师，如果不管这个警告的话，我把这个fchk文件拖入Multiwfn软件中，会得到图中这样的结果，和平常我不用oniom的不一样，我下一步是想要查看轨道情况来对结构进行分析。请您帮我看一下，劳烦您帮忙指导一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-14 06:32

SuXXXX 发表于 2022-1-13 20:32
好的好的！我看了下如何加图。
Sob老师，如果不管这个警告的话，我把这个fchk文件拖入Multiwfn软件中， ...

直接按回车无视

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-14 08:56

sobereva 发表于 2022-1-14 06:32
直接按回车无视

Sob老师，再次请您帮忙看看，我回车以后是这样的，还是不能够进行下一步操作

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-14 13:05

SuXXXX 发表于 2022-1-14 08:56
Sob老师，再次请您帮忙看看，我回车以后是这样的，还是不能够进行下一步操作

看屏幕上的提示
继续回车就完了

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-1-14 19:07

sobereva 发表于 2022-1-14 13:05
看屏幕上的提示
继续回车就完了

好的！！谢谢Sob老师耐心解答！解决了！

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-12 10:50

sobereva 发表于 2022-1-14 13:05
看屏幕上的提示
继续回车就完了

老师如何把周围LOW层的分子都去了呢还有为什么这样得到的fchk文件不能利用您写的制作艺术级轨道那篇论文去制作好看的轨道图片

作者
Author: 心向暖阳 时间: 2022-4-12 10:55

天天121 发表于 2022-4-12 10:50
老师如何把周围LOW层的分子都去了呢还有为什么这样得到的fchk文件不能利用您写的制作艺术级轨道那篇论 ...

当然可以你用fchk导出cube应该就直接是的，不用其他操作了

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-12 11:54

心向暖阳发表于 2022-4-12 10:55
当然可以你用fchk导出cube应该就直接是的，不用其他操作了

好的老师我去试试

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-12 12:06
试了一下老师周围还是有别的分子十分的不美观

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 12:38

天天121 发表于 2022-4-12 12:06
试了一下老师周围还是有别的分子十分的不美观

graphics - representation里用恰当的选择语句只显示要显示的区域，看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-12 13:29

sobereva 发表于 2022-4-12 12:38
graphics - representation里用恰当的选择语句只显示要显示的区域，看
VMD里原子选择语句的语法和例子
...

好的老师我再去试一下

作者
Author: fy_111 时间: 2022-5-30 10:29

SuXXXX 发表于 2022-1-14 19:07
好的！！谢谢Sob老师耐心解答！解决了！

我一直回车到最后一个原子，然后multiwfn就闪退了，你有遇到这种情况吗？

作者
Author: fy_111 时间: 2022-5-30 11:01
本帖最后由 fy_111 于 2022-5-30 22:27 编辑

sobereva 发表于 2022-1-14 13:05
看屏幕上的提示
继续回车就完了

老师，我用formchk -MS 输出了fchk文件后，在multiwfn里一直回车，到最后一个原子就闪退了，这个情况怎么解决呢，是因为文件太大了吗（1.05GB）

二次编辑：这个问题已经解决了，换了3.8版本的multiwfn就可以了，谢谢老师上面提供的方法。

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