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标题: 含结合水蛋白-底物复合物，em之后如何用#ifdef POSRES限制结合水 [打印本页]

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-1-13 01:54
标题: 含结合水蛋白-底物复合物，em之后如何用#ifdef POSRES限制结合水
大家好，我做含2分子结合水的酶蛋白和底物的gromacs，但在gmx mdrun -v -deffnm em时候，终出现如下问题：Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

修改top文件，不同#ifdef控制配体位置限制文件的位置，为了统一限制蛋白和结合水#ifdef POSRES，需要把结合水单独处理，因此修改了相关complex_solv_ions.gro和top文件中结合水名字

请问，改如何处理？折腾了半个月了，多谢各位大侠！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 14:28
结合水用柔性水模型就完了，去掉里面的[settles]设置，当成普通配体看待。为了用2fs步长，可以靠constraints = hbonds实现O-H的约束

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-2-21 00:39
非常感谢Sob老师！终于弄明白这个问题了，确实settle这块重新设置一下就解决了！安装多配体的方法处理，限制和itp参数和溶剂水一样用力场里面的。

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-2-21 00:39
按照，刚刚打错字了

作者
Author: Newbee_Ccc 时间: 2024-1-23 10:54

zhencheng874125 发表于 2022-2-21 00:39
按照，刚刚打错字了

不好意思请问下楼主是如何实现的？能否分享想相关设置，我也遇到了同样的问题，将settle删除后，发现水分子就跑出去了

作者
Author: xiaoche 时间: 2024-12-28 09:34
同问，请问楼主最后是如何解决的呢，期望您可以分享一下经验，谢谢！

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