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标题: gmx energy分析求助：模拟得到的多糖与小分子的相互作用为0，不知道哪个环节错了 [打印本页]

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Author: huang77 时间: 2022-1-13 10:38
标题: gmx energy分析求助：模拟得到的多糖与小分子的相互作用为0，不知道哪个环节错了
各位老师好，我是打算利用gromacs，对多糖和几种小分子的相互作用（LJ/coulomb）进行分析，通过比较数值来判断小分子与多糖的相互作用大小。
多糖是通过GLYCAM网站构建的，由25个半乳糖醛酸组成的聚合物，小分子拓扑文件是按照sober老师的博文http://sobereva.com/266构建的。体系为1个聚合物与5个相同的小分子，小分子用gmx insert-molecules指令随机插入。
模拟进程已经完成，但很奇怪的是，我加入的5个小分子，姑且命名为ABCDE，我试了好几遍，每次都是只有第一个小分子A与聚合物有相互作用，数值大概几十kJ/mol，但之后就BCDE4个小分子的相互作用（LJ-SR、coulomb-SR）都无一例外地是0。我计算相互作用是参考gromacs tutorial（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/09_analysis.html）进行计算的，在mdp中设置energygrps = 聚合物小分子A/B/C/D/E ，后进行rerun，然后用gmx energy 进行提取能量信息

虽然有可能我构建的这个多糖与我的小分子相互作用并不强，但再弱我感觉也不应该除了第一个小分子以外，其它剩余的小分子相互作用全输出为0，之前也做过蛋白和小分子的相互作用分析，也没有见过这样的情况，再弱也会有零点零零几的数据。
故此推测可能在某些地方我把我自己的数据给覆盖了，毕竟第一个小分子输出的时候也还有数据，做第二个开始就全是0了。也有猜测过是自己安装的gromacs的问题，但我换了一台设备之后仍是这样，只有第一个小分子有数据。思前想后没有办法，因此向各位老师求救
我分析相互作用的指令是：先在md.mdp中添加一行energygrps=pectin(我的聚合糖醛酸) r_27（我的小分子），接着输命令
gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ieA.tpr -n index.ndx
gmx mdrun -rerun ie.tpr -deffnm ieA
gmx energy -f ieA.edr -o ieA.xvg
接着算第二个小分子与聚合糖的相互作用，把ie.mdp中的r_27改成r_28(我的第二个相同的小分子)，然后命令如上：
gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ieB.tpr -n index.ndx
gmx mdrun -rerun ie.tpr -deffnm ieB
gmx energy -f ieB.edr -o ieB.xvg
但很奇怪的就是我算第二个开始，LJ-SR/coulomb-SR等等所有与r_28相关的energy全都是0，真的令我很不解，我加了5个小分子也是只有第一个有energy，加了10个小分子也是只有第一个有energy
附件是模拟时的mdp文件，小弟初学gromacs，还望各位不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 14:39
截图里的starch是哪部分？
-rerun后面应当接上结构文件或轨迹，为什么接的是tpr？

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Author: huang77 时间: 2022-1-13 16:22

sobereva 发表于 2022-1-13 14:39
截图里的starch是哪部分？
-rerun后面应当接上结构文件或轨迹，为什么接的是tpr？

sober老师好，我截图里面的starch是我做的另一个体系starch（淀粉）和我的小分子之间的相互作用，而我在1楼说的是我的聚合糖醛酸果胶（pectin）,他们都是从GLYCAM网站中生成的，我截图一下子放错了，请各位老师把截图中的starch当成我1楼中说的pectin就好，它们的意义都差不多
但我的每一个体系都是只有第一个小分子（即r_27）有能量，第二个之后就没有能量了（r_28及之后）
-rerun后面确实是接上轨迹文件xtc，这个是我敲的时候一下子糊涂了，很抱歉对大家造成了误导..
正确的命令应当是
gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ieA.tpr -n index.ndx
gmx mdrun -rerun md.xtc -deffnm ieA -v
gmx energy -f ieA.edr -o ieA.xvg

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 17:01
先看看轨迹，确认是否淀粉和其它分子有过近距离接触
并确认索引文件里序号无误

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Author: huang77 时间: 2022-1-13 17:29

sobereva 发表于 2022-1-13 17:01
先看看轨迹，确认是否淀粉和其它分子有过近距离接触
并确认索引文件里序号无误

谢谢sober老师回复，
以上我都检查过了，同一个体系，在轨迹中，5个小分子，分别都有一两个往淀粉身上靠，这点从gmx mindist中也能体现，索引也确认过没有出错。
也试过加入两种小分子，比如加5个小分子X，5个小分子Y，也是只有X1和Y1有能量，X2345和Y2345就全是0，而淀粉与X12345和Y12345，十个分子之间的相互作用也是X1+Y1之和
所以真的很奇怪，感觉不知道是哪个环节出的问题

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-10-14 09:11
本帖最后由 Kelly00 于 2022-10-14 09:14 编辑

我也出现了这个问题，请问解决了吗

作者
Author: fortunate 时间: 2022-12-9 08:49
您好，请问在GLYCAM生成分子后，怎么下载pdb文件。网站上点pdb按钮和download all 都没有反应。

作者
Author: Alpaca 时间: 2023-3-30 10:24
请问解决了吗？

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