计算化学公社

标题: 求助：molclus调用高斯和直接利用高斯CPU进程占比差异较大 [打印本页]

作者
Author: Akaiconan 时间: 2022-1-13 20:54
标题: 求助：molclus调用高斯和直接利用高斯CPU进程占比差异较大
社长和各位同仁好：
   提出问题前，先列出主要电脑配置和计算设置：电脑为16核的Ryzen 9 5950X，内存为32G；在计算时，核数和内存基本全部都调用给了Gaussian。
   鄙人在安装并设置好molclus后，对genmer产生的100帧体系进行构型搜索，发现这样一个现象：当molclus调用Gaussian进行计算时，进程中CPU的占用仅10-20%；而基于gjf文件单独使用Gaussian进行普通任务计算时，CPU占用比常常达到60%以上。表面上单独使用Gaussian计算要更快一点，但后台进程上两种方法显示的都是当下link的进程，以鄙人的水平难以区分。
   所以想请问一下，上述现象是不是不正常的？如果需要调整，该如何调整？

祝大家新年快乐！服务器永不断电！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-14 06:46
打开molclus调用Gaussian临时产生的Gaussian输出文件gau.out，看文件开头显示当前到底用了多少个核并行
如果和你要用的核数不符，且template.gjf里没明确用%nprocs指定，在里面填上

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-20 19:18

sobereva 发表于 2022-1-14 06:46
打开molclus调用Gaussian临时产生的Gaussian输出文件gau.out，看文件开头显示当前到底用了多少个核并行
如 ...

卢老师，您好！
我用molclus调用orca进行构象搜索，算到第5个构象（共36个构象）的时候疑似停止了，cpu占用只有1%。我查看molclus_1.12_Win目录下的orca.out和template.inp，里面的CPU核心数的设定都是对的（我的电脑6核，设置的就是6核），这是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 03:49

Piggy2907 发表于 2025-5-20 19:18
卢老师，您好！
我用molclus调用orca进行构象搜索，算到第5个构象（共36个构象）的时候疑似停止了，cpu ...

得看orca.out的内容判断可能原因

实在搞不明白也解决不了的话，建议参考以下演示用vmware装个linux虚拟机，跑linux版
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-21 08:22

sobereva 发表于 2025-5-21 03:49
得看orca.out的内容判断可能原因

实在搞不明白也解决不了的话，建议参考以下演示用vmware装个linux虚 ...

好的，卢老师。我是在Windows上跑的。orca.out文件最后对应的就是第4个构象（最后一个正常完成的构象）的计算。
下面是orca.out文件的链接： https://pan.baidu.com/s/1vw8bDGP1bNy_jATnNd3diQ?pwd=jbe3
抱歉，因为以前没怎么使用过论坛，导致回复发重复了，麻烦您把另外两个重复的回复不审核通过

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 08:54

Piggy2907 发表于 2025-5-21 08:22
好的，卢老师。我是在Windows上跑的。orca.out文件最后对应的就是第4个构象（最后一个正常完成的构象）的 ...

看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口，导致进入快速编辑模式，会使得molclus处于暂停状态，看看是不是这个问题。如果不是的话，我也想不出什么原因了，只能尝试linux版

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-21 09:12

sobereva 发表于 2025-5-21 08:54
看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口，导致进入快速编辑模式，会使得molclus处于暂停状 ...

好的，我再试试看。谢谢卢老师！

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-21 20:28

sobereva 发表于 2025-5-21 08:54
看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口，导致进入快速编辑模式，会使得molclus处于暂停状 ...

卢老师，问题解决了，就是因为进入了快速编辑模式。谢谢！

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